| MirGeneDB ID | Hme-Mir-989-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-989 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hme-Mir-989-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-989 Aga-Mir-989 Dan-Mir-989 Dlo-Mir-989 Dme-Mir-989 Dmo-Mir-989 Dsi-Mir-989 Dya-Mir-989 Gpa-Mir-989 Tca-Mir-989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Endopterygota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
FARY01123984.1: 1726-1785 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-989-P1) |
Mir-989-P2
FARY01123984.1: 1092-1151 [-]
Ensembl
Mir-989-P1 FARY01123984.1: 1726-1785 [-] Ensembl |
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| Seed | GUGAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCCAUUACCUCACAGUCACGUGGUCUCUGCGGUACAACGUGUGAUGUGACGUAGUGGAAGUCUCGACCUGGAUAUACAACAUUAGCUUAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGG-- C GU-| GGUCUCU CCAUUAC UCACA CACGU \ GGUGAUG AGUGU GUGCA G GAUUCGAUUACAACAUAUAGGUCCAGCUCUGAA C AGU^ ACAUGGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Not in assembly but in trace archive. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hme-Mir-989-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCAUUACCUCACAGUCACGUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Hme-Mir-989-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGUGAUGUGACGUAGUGGAAG -60
Get sequence
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