| MirGeneDB ID | Dsi-Mir-989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-989 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dsi-mir-989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-989 Aga-Mir-989 Dan-Mir-989 Dlo-Mir-989 Dme-Mir-989 Dmo-Mir-989 Dya-Mir-989 Gpa-Mir-989 Hme-Mir-989-P1 Hme-Mir-989-P2 Tca-Mir-989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Endopterygota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Endopterygota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
2R: 10739800-10739943 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-989) |
Mir-989
2R: 10739800-10739943 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2584 2R: 10767146-10767208 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUAUUUAAGUACAUAAAUUCCGGGAAUCGGCCACUACCUUGCAGUCACGUGAUGAAAAGACACUGGUGACACUGAUCCGGAUUUGGUAGUUGACAAAUCCUCCAUGCCGAGAUAAGUUUCAUUUUGCGUCUUUUGAAUUCGAAUAGUUCAUGUGAUGUGACGUAGUGGAACAUACCUGAAAUUGCAAGCAACACGAAGUGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 UUUUAUUUAAGUACAUA--| C A CGG C UG G AUGAAAAGACACUGGUGACACUGAUCCGGAUUUGGUAGUUGACAAAUC AAUU CGGG AU CCACUAC U CA UCACGUG \ UUAA GUCC UA GGUGAUG A GU AGUGUAC C AAGUGAAGCACAACGAACG^ A A CAA C GU - UUGAUAAGCUUAAGUUUUCUGCGUUUUACUUUGAAUAGAGCCGUACCU 200 190 180 170 160 150 140 130 120 110 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The mirbase entry is incomplete at the 5' end. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dsi-Mir-989_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGCCACUACCUUGCAGUCACGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dsi-Mir-989_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0012497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
122- UGUGAUGUGACGUAGUGGAACA -144
Get sequence
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