| MirGeneDB ID | Gja-Mir-147-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gja-Mir-147-P3a-v1 Gja-Mir-147-P3b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-147 Cja-Mir-147 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Eca-Mir-147 Gga-Mir-147 Lch-Mir-147 Mdo-Mir-147 Mml-Mir-147 Mmr-Mir-147 Mmu-Mir-147 Neu-Mir-147 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pab-Mir-147 Pma-Mir-147 Sha-Mir-147 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 Tni-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | G. japonicus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015177031.1: 495734-495791 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-147-P3a-v2) |
Mir-147-P3a-v1
NW_015177031.1: 495733-495792 [+]
Mir-147-P3a-v2 NW_015177031.1: 495734-495791 [+] Mir-147-P3b-v1 NW_015177031.1: 504424-504483 [+] Mir-147-P3b-v2 NW_015177031.1: 504425-504482 [+] |
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| Variant | Gja-Mir-147-P3a-v2 |
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| Seed | GUGUGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUCUUUCCAAAUAACACUCUAUGAAUCUAGUGGAAUCAUUUCUGCACAAACUAGAGGAUUGAAACCAGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUACAUUUUUAGGGUCUCCCUCCAUUUUAAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUCUUUCCAAAUAACAC--| U C UG U AACUAGAGG UCUA GAAU UAG GAA CAUUUCUGCACA A GGAU UUUA AUC CUU GUAAAGGCGUGU U AAAAUUUUACCUCCCUCUG^ U C GU C GACCAAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gja-Mir-147-P3a-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAAUCAUUUCUGCACAAACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gja-Mir-147-P3a-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCU -58
Get sequence
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| Variant | Gja-Mir-147-P3a-v1 |
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| Seed | UGUGCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUCUUUCCAAAUAACACUCUAUGAAUCUAGUGGAAUCAUUUCUGCACAAACUAGAGGAUUGAAACCAGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUACAUUUUUAGGGUCUCCCUCCAUUUUAAAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGUCUUUCCAAAUAACA--| U C UG U AACUAGAGG CUCUA GAAU UAG GAA CAUUUCUGCACA A GGGAU UUUA AUC CUU GUAAAGGCGUGU U AAAAAUUUUACCUCCCUCU^ U C GU C GACCAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gja-Mir-147-P3a-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGGAAUCAUUUCUGCACAAAC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gja-Mir-147-P3a-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUA -60
Get sequence
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