MirGeneDB ID | Gga-Mir-33-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-33 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-33-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-33-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-33 Aca-Mir-33-P3 Ami-Mir-33-P3 Bge-Mir-33 Bta-Mir-33-P3 Cfa-Mir-33-P3 Cgi-Mir-33 Cin-Mir-33 Cli-Mir-33-P3 Cmi-Mir-33-P3 Cpi-Mir-33-P3 Cpo-Mir-33-P3 Csc-Mir-33 Cte-Mir-33 Dan-Mir-33 Dma-Mir-33 Dme-Mir-33 Dmo-Mir-33 Dno-Mir-33-P3 Dpu-Mir-33 Dsi-Mir-33 Dya-Mir-33 Ebu-Mir-33 Efe-Mir-33 Esc-Mir-33 Ete-Mir-33-P3 Gja-Mir-33-P3 Hsa-Mir-33-P3 Isc-Mir-33 Lch-Mir-33-P3 Lgi-Mir-33 Loc-Mir-33-P3 Mal-Mir-33-P3 Mdo-Mir-33-P3 Mml-Mir-33-P3 Mmu-Mir-33-P3 Mun-Mir-33-P3 Npo-Mir-33 Oan-Mir-33-P3 Obi-Mir-33 Ocu-Mir-33-P3 Ovu-Mir-33 Pbv-Mir-33-P3 Pfl-Mir-33 Pma-Mir-33-o3 Pmi-Mir-33 Rno-Mir-33-P3 Sha-Mir-33-P3 Sko-Mir-33 Spt-Mir-33-P3 Spu-Mir-33 Sto-Mir-33-P3 Tca-Mir-33 Tgu-Mir-33-P3 Tni-Mir-33-P3 Xbo-Mir-33 Xla-Mir-33-P3a Xla-Mir-33-P3b Xtr-Mir-33-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
1: 49496339-49496399 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUCCCUGUCGCUCCUGGGUGGCAGCUGUAGUGCAUUGUAGUUGCAUUGCAUGUGCUGGCAGUAACUGUGCAAUGUUCCUGCAGUGCAGUACAGAGGCGCUUUCUAUUCGACAGAGCAGGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGUCCCUGUCGCUCCUG---| G AG G UU UGUGCUGG GGUG C CUGUA UGCAUUGUAG GCAUUGCA \ UCGC G GACAU ACGUGACGUC UGUAACGU C UGGACGAGACAGCUUAUCUU^ - GA G CU GUCAAUGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | The 3p arm is also monoadenylated at the 3' end. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gga-Mir-33-P3_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0001100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGCAUUGUAGUUGCAUUGCA -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-33-5p miRDB: MIMAT0001100 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Co-mature sequence | Gga-Mir-33-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0026490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAAUGUUCCUGCAGUGCAGUA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-33-3p miRDB: MIMAT0026490 |