MirGeneDB ID | Mmu-Mir-33-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-33 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-33 Aca-Mir-33-P3 Ami-Mir-33-P3 Bge-Mir-33 Bta-Mir-33-P3 Cfa-Mir-33-P3 Cgi-Mir-33 Cin-Mir-33 Cli-Mir-33-P3 Cmi-Mir-33-P3 Cpi-Mir-33-P3 Cpo-Mir-33-P3 Csc-Mir-33 Cte-Mir-33 Dan-Mir-33 Dma-Mir-33 Dme-Mir-33 Dmo-Mir-33 Dno-Mir-33-P3 Dpu-Mir-33 Dsi-Mir-33 Dya-Mir-33 Ebu-Mir-33 Efe-Mir-33 Esc-Mir-33 Ete-Mir-33-P3 Gga-Mir-33-P3 Gja-Mir-33-P3 Hsa-Mir-33-P3 Isc-Mir-33 Lch-Mir-33-P3 Lgi-Mir-33 Loc-Mir-33-P3 Mal-Mir-33-P3 Mdo-Mir-33-P3 Mml-Mir-33-P3 Mun-Mir-33-P3 Npo-Mir-33 Oan-Mir-33-P3 Obi-Mir-33 Ocu-Mir-33-P3 Ovu-Mir-33 Pbv-Mir-33-P3 Pfl-Mir-33 Pma-Mir-33-o3 Pmi-Mir-33 Rno-Mir-33-P3 Sha-Mir-33-P3 Sko-Mir-33 Spt-Mir-33-P3 Spu-Mir-33 Sto-Mir-33-P3 Tca-Mir-33 Tgu-Mir-33-P3 Tni-Mir-33-P3 Xbo-Mir-33 Xla-Mir-33-P3a Xla-Mir-33-P3b Xtr-Mir-33-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr15: 82198127-82198187 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGCUGCACACCUCCUGGCGGGCAGCUGUGGUGCAUUGUAGUUGCAUUGCAUGUUCUGGCAAUACCUGUGCAAUGUUUCCACAGUGCAUCACGGAGGCCUGCCCUGACUGCCCACGGUGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGGCUGCACACCUCCUG--| AG AGUU UGUUCUGG GCGGGC CUGUGGUGCAUUGU GCAUUGCA \ CGUCCG GGCACUACGUGACA UGUAACGU C CCGUGGCACCCGUCAGUCC^ GA CCUU GUCCAUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmu-Mir-33-P3_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0000667 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGCAUUGUAGUUGCAUUGCA -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000667 TargetScanVert: mmu-miR-33-5p miRDB: MIMAT0000667 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmu-Mir-33-P3_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0004666 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAAUGUUUCCACAGUGCAUCA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004666 TargetScanVert: mmu-miR-33-3p miRDB: MIMAT0004666 |