MirGeneDB ID | Eca-Mir-506-P35a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-8908f-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-506-P1m Eca-Mir-506-P1n Eca-Mir-506-P1o-v1 Eca-Mir-506-P1p-v1 Eca-Mir-506-P2a Eca-Mir-506-P2b3 Eca-Mir-506-P2b4 Eca-Mir-506-P3 Eca-Mir-506-P4a Eca-Mir-506-P4b Eca-Mir-506-P28a Eca-Mir-506-P28b Eca-Mir-506-P28c-v1 Eca-Mir-506-P28d1 Eca-Mir-506-P28d2 Eca-Mir-506-P28e1 Eca-Mir-506-P28e2 Eca-Mir-506-P28f1 Eca-Mir-506-P28f2 Eca-Mir-506-P28f3 Eca-Mir-506-P29a1 Eca-Mir-506-P29a2 Eca-Mir-506-P29b Eca-Mir-506-P30a Eca-Mir-506-P30b1-v1 Eca-Mir-506-P30b2-v1 Eca-Mir-506-P30c1 Eca-Mir-506-P30c2 Eca-Mir-506-P30d Eca-Mir-506-P31a Eca-Mir-506-P31b Eca-Mir-506-P31c Eca-Mir-506-P32 Eca-Mir-506-P33a Eca-Mir-506-P33b1 Eca-Mir-506-P33b2 Eca-Mir-506-P34 Eca-Mir-506-P35a-v1 Eca-Mir-506-P35b1-v1 Eca-Mir-506-P35b2-v1 Eca-Mir-506-P35c-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Laf-Mir-506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. caballus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 119910651-119910707 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P35a-v2) |
Mir-506-P29b
CM009179.1: 119897644-119897700 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P35c-v1 CM009179.1: 119898154-119898210 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P35c-v2 CM009179.1: 119898154-119898210 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P28f3 CM009179.1: 119898661-119898716 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P30c2 CM009179.1: 119899177-119899232 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P31c CM009179.1: 119900206-119900262 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P28e2 CM009179.1: 119901226-119901285 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P30b2-v2 CM009179.1: 119901738-119901793 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P30b2-v1 CM009179.1: 119901738-119901793 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P35b1-v2 CM009179.1: 119903093-119903149 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P35b1-v1 CM009179.1: 119903093-119903149 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P28f2 CM009179.1: 119904407-119904462 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P30d CM009179.1: 119904923-119904978 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P31a CM009179.1: 119905948-119906004 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P28e1 CM009179.1: 119906900-119906959 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P30b1-v1 CM009179.1: 119907412-119907467 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P30b1-v2 CM009179.1: 119907412-119907467 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P29a2 CM009179.1: 119908248-119908304 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P35b2-v2 CM009179.1: 119908765-119908821 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P35b2-v1 CM009179.1: 119908765-119908821 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P28d2 CM009179.1: 119909277-119909332 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P33b2 CM009179.1: 119910132-119910192 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P35a-v2 CM009179.1: 119910651-119910707 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P35a-v1 CM009179.1: 119910654-119910704 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P28d1 CM009179.1: 119911163-119911218 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P33b1 CM009179.1: 119912012-119912072 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P28f1 CM009179.1: 119913038-119913093 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P30c1 CM009179.1: 119913554-119913609 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P31b CM009179.1: 119914584-119914640 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P28c-v1 CM009179.1: 119915529-119915588 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P28c-v2 CM009179.1: 119915531-119915586 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v2 CM009179.1: 119915531-119915586 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P30a CM009179.1: 119916031-119916088 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P29a1 CM009179.1: 119916886-119916942 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P28b CM009179.1: 119917914-119917969 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P34 CM009179.1: 119918769-119918825 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P28a CM009179.1: 119919773-119919828 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P33a CM009179.1: 119921797-119921853 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P32 CM009179.1: 119922309-119922365 [-] UCSC Ensembl Mir-9142 CM009179.1: 119927864-119927920 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Variant | Eca-Mir-506-P35a-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCACUUUAGCAGUGCUGUGUGCAGUGUCCUACUCAGAAAGGUACUGAUCACUUAGAGGACAAGUAGUCACUGCCUUUCUGGGUGGACUGAUGCUCAACAGGAAGAACCUGGGUGGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACCACUUUAGCAGUGCUG-- U GU-| U C C UAGA UG GCA GUCC ACUCAGAAAGGUA UGAU ACU \ AC CGU CAGG UGGGUCUUUCCGU ACUG UGA G UGGUGGGUCCAAGAAGGACA U AGU^ - C A ACAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Eca-Mir-506-P35a-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0034701 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACUCAGAAAGGUACUGAUCACU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Eca-Mir-506-P35a-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UAGUCACUGCCUUUCUGGGUGGA -57
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Variant | Eca-Mir-506-P35a-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUCACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUUUAGCAGUGCUGUGUGCAGUGUCCUACUCAGAAAGGUACUGAUCACUUAGAGGACAAGUAGUCACUGCCUUUCUGGGUGGACUGAUGCUCAACAGGAAGAACCUGGGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACUUUAGCAGUGCUGUGU-- GU-| U C C UAGA GCA GUCC ACUCAGAAAGGUA UGAU ACU \ CGU CAGG UGGGUCUUUCCGU ACUG UGA G UGGGUCCAAGAAGGACAACU AGU^ - C A ACAG . 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Eca-Mir-506-P35a-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0034701 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAGAAAGGUACUGAUCACU -20
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Eca-Mir-506-P35a-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
31- UAGUCACUGCCUUUCUGGGU -51
Get sequence
|