MirGeneDB ID | Eca-Mir-421-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-421 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-421-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-421-P1-v1 Cfa-Mir-421-P1-v1 Cpo-Mir-421-P1 Dno-Mir-421-P1-v1 Hsa-Mir-421-P1-v1 Mml-Mir-421-P1-v1 Mmr-Mir-421-P1a Mmr-Mir-421-P1b Ocu-Mir-421-P1-v1 Pab-Mir-421-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 58620605-58620667 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-421-P1-v1) |
Mir-421-P1-v1
CM009179.1: 58620605-58620667 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-421-P1-v2 CM009179.1: 58620606-58620665 [-] UCSC Ensembl Mir-374-P1 CM009179.1: 58620777-58620828 [-] UCSC Ensembl |
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Variant | Eca-Mir-421-P1-v1 |
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Seed | CAACAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCCAGAGCCCAGCCUGGCACAUUAGUAGGCCUCAGUAAAUGUUUAUUGGAUGAAUAAAUGAAUGACUCAUCAACAAACAUUUAUUGUGUGCCUGCUAACGUGAUCUCCACAGGCUCUGGACUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCCAGAGCCCAGCCUGG-- A CU-| AUUG AAUAAAU CAC UUAGUAGGC CAGUAAAUGUUU GAUG \ GUG AAUCGUCCG GUUAUUUACAAA CUAC G UCAGGUCUCGGACACCUCUA C UGU^ CAA- UCAGUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eca-Mir-421-P1-v1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCUCAGUAAAUGUUUAUUGGAUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Eca-Mir-421-P1-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0013239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UCAACAAACAUUUAUUGUGUGCC -63
Get sequence
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Variant | Eca-Mir-421-P1-v2 |
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Seed | CAGUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAGAGCCCAGCCUGGCACAUUAGUAGGCCUCAGUAAAUGUUUAUUGGAUGAAUAAAUGAAUGACUCAUCAACAAACAUUUAUUGUGUGCCUGCUAACGUGAUCUCCACAGGCUCUGGACGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CCAGAGCCCAGCCUGGC--- A CU-| AUUG AUAAAU AC UUAGUAGGC CAGUAAAUGUUU GAUGA \ UG AAUCGUCCG GUUAUUUACAAA CUACU G CAGGUCUCGGACACCUCUAG C UGU^ CAA- CAGUAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-421-P1-v2_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAGUAAAUGUUUAUUGGAUGA -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Eca-Mir-421-P1-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0013239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUCAACAAACAUUUAUUGUGUGC -60
Get sequence
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