| MirGeneDB ID | Mml-Mir-421-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-421 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mml-mir-545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mml-Mir-421-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-421-P1-v1 Cfa-Mir-421-P1-v1 Cpo-Mir-421-P1 Dno-Mir-421-P1-v1 Eca-Mir-421-P1-v1 Hsa-Mir-421-P1-v1 Mmr-Mir-421-P1a Mmr-Mir-421-P1b Ocu-Mir-421-P1-v1 Pab-Mir-421-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003339765.3_Mmul_10_traces) |
CM014356.1: 71376450-71376512 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-421-P1-v1) |
Mir-421-P1-v1
CM014356.1: 71376450-71376512 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-421-P1-v2 CM014356.1: 71376451-71376510 [-] UCSC Ensembl Mir-374-P1 CM014356.1: 71376622-71376673 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mml-Mir-421-P1-v1 |
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| Seed | CUCAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCCAGAGCCCAGCCUGGCACAUUAGUAGGCCUCAGUAAAUGUUUAUUAGAUGAAUAAAUGAAUGACUCAUCAGCAAACAUUUAUUGUGUGCCUGCUAAAGUGAGCUCCACAGGCUCUGGACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCCAGAGCCCAGCCUGG-- A CU-| A A AAUAAAU CAC UUAGUAGGC CAGUAAAUGUUU UU GAUG \ GUG AAUCGUCCG GUUAUUUACAAA GA CUAC G UCAGGUCUCGGACACCUCGA A UGU^ C - UCAGUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mml-Mir-421-P1-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUCAGUAAAUGUUUAUUAGAUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Mml-Mir-421-P1-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0006409 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UCAGCAAACAUUUAUUGUGUGCC -63
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-545 |
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| Variant | Mml-Mir-421-P1-v2 |
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| Seed | CAGUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAGAGCCCAGCCUGGCACAUUAGUAGGCCUCAGUAAAUGUUUAUUAGAUGAAUAAAUGAAUGACUCAUCAGCAAACAUUUAUUGUGUGCCUGCUAAAGUGAGCUCCACAGGCUCUGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCAGAGCCCAGCCUGGC--- A CU-| A A AUAAAU AC UUAGUAGGC CAGUAAAUGUUU UU GAUGA \ UG AAUCGUCCG GUUAUUUACAAA GA CUACU G CAGGUCUCGGACACCUCGAG A UGU^ C - CAGUAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mml-Mir-421-P1-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGUAAAUGUUUAUUAGAUGA -22
Get sequence
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| Star sequence | Mml-Mir-421-P1-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0006409 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUCAGCAAACAUUUAUUGUGUGC -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-545 |
