MirGeneDB ID | Ebu-Mir-22-P1o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-22-P1 Bfl-Mir-22-P1 Bko-Mir-22-P1 Bla-Mir-22-P1 Bpl-Mir-22-P1 Cte-Mir-22-P1 Eba-Mir-22-P1 Egr-Mir-22-P1 Esc-Mir-22-P1 Gsa-Mir-22-P1 Hru-Mir-22-P1 Lan-Mir-22-P1 Lgi-Mir-22-P1 Lhy-Mir-22-P1 Llo-Mir-22-P1 Mgi-Mir-22-P1 Mom-Mir-22-P1 Npo-Mir-22-P1 Obi-Mir-22-P1 Ofu-Mir-22-P1 Ovu-Mir-22-P1 Pau-Mir-22-P1 Pca-Mir-22-P1 Pcr-Mir-22-P1 Pdu-Mir-22-P1 Pfl-Mir-22-P1 Pve-Mir-22-P1 Rph-Mir-22-P1 Sma-Mir-22-P1 Sme-Mir-22-P1 Snu-Mir-22-P1 War-Mir-22-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010605.1: 939050-939111 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAACCAAGCAGGCAUGGCUGUACCAGUCCAGCCCUUCUCUGGCUAGCUUUAGUCCAGUUAGGCCUGUUAAAGCUGCCAGUCGAAGAGCUGUGCUGGGCGGUCACUCACUGCACUCGGCACUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAACCAAGCAGGCAUG---| A UC C U- U GUCCAGU GCUGU CCAG CAGC CUUC CUGGC AGCUUUA U UGGCG GGUC GUCG GAAG GACCG UCGAAAU A UCACGGCUCACGUCACUCAC^ - GU A CU - UGUCCGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ebu-Mir-22-P1o1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCCCUUCUCUGGCUAGCUUUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ebu-Mir-22-P1o1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- AAGCUGCCAGUCGAAGAGCUGU -62
Get sequence
|