| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-217-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-217-P1-v1 Ebu-Mir-217-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Cmi-Mir-217 Gmo-Mir-217 Laf-Mir-217 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mmr-Mir-217 Pma-Mir-217-P1 Spt-Mir-217 Tni-Mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Cyclostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010123.1: 688385-688445 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217-P1-v2) |
Mir-216-P2b1
FYBX02010123.1: 688200-688261 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-217-P1-v2 FYBX02010123.1: 688385-688445 [+] UCSC Ensembl Mir-217-P1-v1 FYBX02010123.1: 688386-688444 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ebu-Mir-217-P1-v2 |
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| Seed | UACUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGUCAGAACUGGCUUGUUUGAUGUCAUAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUAGGGUAAUGCUCUAUCGCCGUCAGUUCCUAAUGCACUGCCUUCAGCAUCUACGCCAGCAGCUGGGGUGAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGUCAGAACUGGCUUGUUU--| CAU A C C A GUAAUG GAUGU AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG C CUACG UC GU ACGUA UCCUUGACUG CC U CUAGUGGGGUCGACGACCGCAU^ ACU C C A - GCUAUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ebu-Mir-217-P1-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACUGCAUCAGGAACUGAUAGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Ebu-Mir-217-P1-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GUCAGUUCCUAAUGCACUGCCU -61
Get sequence
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| Variant | Ebu-Mir-217-P1-v1 |
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| Seed | ACUGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGUCAGAACUGGCUUGUUUGAUGUCAUAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUAGGGUAAUGCUCUAUCGCCGUCAGUUCCUAAUGCACUGCCUUCAGCAUCUACGCCAGCAGCUGGGGUGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGUCAGAACUGGCUUGUUU--| CAU A C C A GUAAUG GAUGU AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG C CUACG UC GU ACGUA UCCUUGACUG CC U UAGUGGGGUCGACGACCGCAU^ ACU C C A - GCUAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ebu-Mir-217-P1-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUGCAUCAGGAACUGAUAGGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Ebu-Mir-217-P1-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CGUCAGUUCCUAAUGCACUGCC -59
Get sequence
|
