| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-133-P6a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-133 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-133-P5a-v1 Ebu-Mir-133-P5b-v1 Ebu-Mir-133-P6a-v1 Ebu-Mir-133-P6b-v1 Ebu-Mir-133-P7-v1 Ebu-Mir-133-P8-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-133 Aga-Mir-133 Asu-Mir-133 Bge-Mir-133 Cbr-Mir-133 Cel-Mir-133 Cin-Mir-133 Cte-Mir-133 Dan-Mir-133 Dgr-Mir-133 Dlo-Mir-133 Dma-Mir-133 Dme-Mir-133 Dmo-Mir-133 Dpu-Mir-133 Dsi-Mir-133 Dya-Mir-133 Eba-Mir-133 Efe-Mir-133 Egr-Mir-133 Esc-Mir-133 Gpa-Mir-133 Gsp-Mir-133 Hme-Mir-133 Hru-Mir-133 Isc-Mir-133 Lan-Mir-133 Lgi-Mir-133 Lhy-Mir-133 Llo-Mir-133 Mgi-Mir-133 Mom-Mir-133 Obi-Mir-133 Ofu-Mir-133 Ovu-Mir-133 Pau-Mir-133 Pca-Mir-133 Pcr-Mir-133 Pdu-Mir-133 Pve-Mir-133 Rph-Mir-133 Sma-Mir-133 Snu-Mir-133 Spu-Mir-133 Tca-Mir-133 Tur-Mir-133 War-Mir-133 Xbo-Mir-133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02009999.1: 892994-893053 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-133-P6a-v2) |
Mir-133-P6b-v1
FYBX02009999.1: 875528-875587 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-133-P6b-v2 FYBX02009999.1: 875528-875587 [-] UCSC Ensembl Mir-1-P6b FYBX02009999.1: 876348-876408 [-] UCSC Ensembl Mir-133-P6a-v1 FYBX02009999.1: 892994-893053 [-] UCSC Ensembl Mir-133-P6a-v2 FYBX02009999.1: 892994-893053 [-] UCSC Ensembl Mir-1-P6a FYBX02009999.1: 893816-893876 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ebu-Mir-133-P6a-v2 |
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| Seed | UGGUCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCACCGACCAUCGCCAUGGGUUUUGCUUCAGCUGGUCCAGUGGAACCAAGUCGACCUUUCUUGGGAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGUGGCGUAAUCCCAAUUCGGCAUUUCGAGCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUCACCGACCAUCGCCA- UUU- U CC-| U A CGACCU UGGG UGCU CAGCUGGU AG GG ACCAAGU U ACCC GCGG GUCGACCA UC CC UGGUUUA U ACCGAGCUUUACGGCUUA UAAU U ACU^ - C GGGUUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-133-P6a-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUCCAGUGGAACCAAGU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-133-P6a-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU -60
Get sequence
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| Variant | Ebu-Mir-133-P6a-v1 |
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| Seed | UUGGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCACCGACCAUCGCCAUGGGUUUUGCUUCAGCUGGUCCAGUGGAACCAAGUCGACCUUUCUUGGGAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGUGGCGUAAUCCCAAUUCGGCAUUUCGAGCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUCACCGACCAUCGCCA- UUU- U CC-| U A GACCU UGGG UGCU CAGCUGGU AG GG ACCAAGUC U ACCC GCGG GUCGACCA UC CC UGGUUUAG U ACCGAGCUUUACGGCUUA UAAU U ACU^ - C GGUUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-133-P6a-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUCCAGUGGAACCAAGUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-133-P6a-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU -60
Get sequence
|
