| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-1-P6a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-1-P5 Ebu-Mir-1-P6b Ebu-Mir-1-P7 Ebu-Mir-1-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-1 Aga-Mir-1 Agr-Mir-1 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cin-Mir-1 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dgr-Mir-1 Dlo-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dpu-Mir-1 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Eba-Mir-1 Egr-Mir-1 Esc-Mir-1 Gpa-Mir-1 Gsa-Mir-1 Gsp-Mir-1 Hme-Mir-1 Hmi-Mir-1 Hru-Mir-1 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lgi-Mir-1 Lhy-Mir-1 Llo-Mir-1 Mgi-Mir-1 Mom-Mir-1 Obi-Mir-1 Ofu-Mir-1 Ovu-Mir-1 Pau-Mir-1 Pca-Mir-1 Pcr-Mir-1 Pdu-Mir-1 Pfl-Mir-1 Ple-Mir-1 Pmi-Mir-1 Rph-Mir-1 Sko-Mir-1 Sma-Mir-1 Sne-Mir-1 Snu-Mir-1 Spu-Mir-1 Sro-Mir-1 Tca-Mir-1 Tur-Mir-1 War-Mir-1 Xbo-Mir-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02009999.1: 893816-893876 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P6a) |
Mir-133-P6b-v1
FYBX02009999.1: 875528-875587 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-133-P6b-v2 FYBX02009999.1: 875528-875587 [-] UCSC Ensembl Mir-1-P6b FYBX02009999.1: 876348-876408 [-] UCSC Ensembl Mir-133-P6a-v1 FYBX02009999.1: 892994-893053 [-] UCSC Ensembl Mir-133-P6a-v2 FYBX02009999.1: 892994-893053 [-] UCSC Ensembl Mir-1-P6a FYBX02009999.1: 893816-893876 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGAAUUCUGCACGAAACCAUCCUGAAGACACGUGCUUCUUUACAGAACCACAUGCCGUGCUCGUAGUGUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUGUUUAGGGUUGGAGUGACGUUUGGAGAUGAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGAAUUCUGCACGAAA---| U GA GAA UGCCGU CCA CCU AGACACGUGCUUCUUUACA CCACA G GGU GGG UUUGUGUAUGAAGAAAUGU GGUGU C AAAGUAGAGGUUUGCAGUGA^ U A- AA- GAUGCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-1-P6a_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGUGCUUCUUUACAGAACCACA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-1-P6a_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUGU -61
Get sequence
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