| MirGeneDB ID | Dre-Mir-126-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-126 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-126b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-126-P2a-v1 Dre-Mir-126-P2b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-126-P2-v1 Ami-Mir-126-P2-v1 Bta-Mir-126-P2-v1 Cfa-Mir-126-P2-v1 Cja-Mir-126-P2-v1 Cli-Mir-126-P2-v1 Cmi-Mir-126-P2-v1 Cpi-Mir-126-P2-v1 Cpo-Mir-126-P2-v1 Dno-Mir-126-P2-v1 Eca-Mir-126-P2-v1 Ete-Mir-126-P2-v1 Gga-Mir-126-P2-v1 Gja-Mir-126-P2-v1 Gmo-Mir-126-P2b-v1 Hsa-Mir-126-P2-v1 Laf-Mir-126-P2-v1 Lch-Mir-126-P2 Loc-Mir-126-P2-v1 Mal-Mir-126-P2b-v1 Mdo-Mir-126-P2-v1 Mml-Mir-126-P2-v1 Mmr-Mir-126-P2-v1 Mmu-Mir-126-P2-v1 Mun-Mir-126-P2-v1 Neu-Mir-126-P2-v1 Oan-Mir-126-P2-v1 Ocu-Mir-126-P2-v1 Pab-Mir-126-P2-v1 Pbv-Mir-126-P2-v1 Rno-Mir-126-P2-v1 Sha-Mir-126-P2-v1 Spt-Mir-126-P2 Sto-Mir-126-P2-v1 Tgu-Mir-126-P2-v1 Tni-Mir-126-P2b-v1 Xtr-Mir-126-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr21: 7240249-7240307 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-126-P2b-v3) |
Mir-126-P2b-v1
chr21: 7240249-7240307 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-126-P2b-v2 chr21: 7240249-7240307 [-] UCSC Ensembl Mir-126-P2b-v3 chr21: 7240249-7240307 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dre-Mir-126-P2b-v3 |
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| Seed | UCGUACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGAUUUGAGUCUUACCGGCCUCACGGUUCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUAUGCCACUCUCAACUCGUACCGUGAGUAAUAGUGCACUGUGACUGGUGAACACAACUAUAACCUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGAGAUUUGAGUCUUACCG --| U U CGCUAUGCC GCC UCACGGU CAUUAUUACUU UGGUACG \ UGG AGUGUCA GUGAUAAUGAG GCCAUGC A CAUCCAAUAUCAACACAAG UC^ C U UCAACUCUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-126-P2b-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0011307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCGCU -23
Get sequence
|
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| Mature sequence | Dre-Mir-126-P2b-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0011306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUCGUACCGUGAGUAAUAGUGCA -59
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-126b |
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| Variant | Dre-Mir-126-P2b-v1 |
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| Seed | CGUACCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGAUUUGAGUCUUACCGGCCUCACGGUUCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUAUGCCACUCUCAACUCGUACCGUGAGUAAUAGUGCACUGUGACUGGUGAACACAACUAUAACCUACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGAGAUUUGAGUCUUACCG --| U U CGCUAUGCC GCC UCACGGU CAUUAUUACUU UGGUACG \ UGG AGUGUCA GUGAUAAUGAG GCCAUGC A CAUCCAAUAUCAACACAAG UC^ C U UCAACUCUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-126-P2b-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0011307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCGC -22
Get sequence
|
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| Mature sequence | Dre-Mir-126-P2b-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0011306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCGUACCGUGAGUAAUAGUGCA -59
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-126b |
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| Variant | Dre-Mir-126-P2b-v2 |
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| Seed | AUUAUUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGAUUUGAGUCUUACCGGCCUCACGGUUCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUAUGCCACUCUCAACUCGUACCGUGAGUAAUAGUGCACUGUGACUGGUGAACACAACUAUAACCUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGAGAUUUGAGUCUUACCG --| U U CGCUAUGCC GCC UCACGGU CAUUAUUACUU UGGUACG \ UGG AGUGUCA GUGAUAAUGAG GCCAUGC A CAUCCAAUAUCAACACAAG UC^ C U UCAACUCUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-126-P2b-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0011307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCG -21
Get sequence
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| Star sequence | Dre-Mir-126-P2b-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0011306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CGUACCGUGAGUAAUAGUGCA -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-126b |
