| MirGeneDB ID | Dre-Mir-126-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-126 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-126a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-126-P2a-v1 Dre-Mir-126-P2b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-126-P2-v1 Ami-Mir-126-P2-v1 Bta-Mir-126-P2-v1 Cfa-Mir-126-P2-v1 Cja-Mir-126-P2-v1 Cli-Mir-126-P2-v1 Cmi-Mir-126-P2-v1 Cpi-Mir-126-P2-v1 Cpo-Mir-126-P2-v1 Dno-Mir-126-P2-v1 Eca-Mir-126-P2-v1 Ete-Mir-126-P2-v1 Gga-Mir-126-P2-v1 Gja-Mir-126-P2-v1 Hsa-Mir-126-P2-v1 Laf-Mir-126-P2-v1 Lch-Mir-126-P2 Loc-Mir-126-P2-v1 Mdo-Mir-126-P2-v1 Mml-Mir-126-P2-v1 Mmr-Mir-126-P2-v1 Mmu-Mir-126-P2-v1 Mun-Mir-126-P2-v1 Neu-Mir-126-P2-v1 Oan-Mir-126-P2-v1 Ocu-Mir-126-P2-v1 Pab-Mir-126-P2-v1 Pbv-Mir-126-P2-v1 Rno-Mir-126-P2-v1 Sha-Mir-126-P2-v1 Spt-Mir-126-P2 Sto-Mir-126-P2-v1 Tgu-Mir-126-P2-v1 Xtr-Mir-126-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr8: 11548435-11548494 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-126-P2a-v3) |
Mir-126-P2a-v1
chr8: 11548435-11548494 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-126-P2a-v2 chr8: 11548435-11548494 [-] UCSC Ensembl Mir-126-P2a-v3 chr8: 11548435-11548494 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dre-Mir-126-P2a-v3 |
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| Seed | UCGUACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAAGGAGCCAUUUUAACUGCUUCACAGUCCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUAGGCCAGACUCAAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCACUGUGGCAGUGGGUUUAUCUGCGUGGACAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAAAGGAGCCAUUUUAA- UG -| C U CGCUAGGCC C CU UCACAGU CAUUAUUACUU UGGUACG A G GA GGUGUCA GUAAUAAUGAG GCCAUGC G AACAGGUGCGUCUAUUUG GU C^ C U UCAAACUCA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-126-P2a-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003157 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCGCU -23
Get sequence
|
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| Mature sequence | Dre-Mir-126-P2a-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001823 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCA -60
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-126a |
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| Variant | Dre-Mir-126-P2a-v1 |
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| Seed | CGUACCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAAGGAGCCAUUUUAACUGCUUCACAGUCCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUAGGCCAGACUCAAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCACUGUGGCAGUGGGUUUAUCUGCGUGGACAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAAAGGAGCCAUUUUAA- UG -| C U CGCUAGGCC C CU UCACAGU CAUUAUUACUU UGGUACG A G GA GGUGUCA GUAAUAAUGAG GCCAUGC G AACAGGUGCGUCUAUUUG GU C^ C U UCAAACUCA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-126-P2a-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003157 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCGC -22
Get sequence
|
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| Mature sequence | Dre-Mir-126-P2a-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001823 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCGUACCGUGAGUAAUAAUGCA -60
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-126a |
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| Variant | Dre-Mir-126-P2a-v2 |
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| Seed | AUUAUUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAAGGAGCCAUUUUAACUGCUUCACAGUCCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUAGGCCAGACUCAAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCACUGUGGCAGUGGGUUUAUCUGCGUGGACAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAAAGGAGCCAUUUUAA- UG -| C U CGCUAGGCC C CU UCACAGU CAUUAUUACUU UGGUACG A G GA GGUGUCA GUAAUAAUGAG GCCAUGC G AACAGGUGCGUCUAUUUG GU C^ C U UCAAACUCA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-126-P2a-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003157 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCG -21
Get sequence
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| Star sequence | Dre-Mir-126-P2a-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0001823 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CGUACCGUGAGUAAUAAUGCA -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-126a |
