| MirGeneDB ID | Dmo-Mir-281-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-281 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dmo-mir-281-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dmo-Mir-281-P1-v1 Dmo-Mir-281-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-281 Aga-Mir-281 Agr-Mir-281 Asu-Mir-281 Bfl-Mir-281 Bge-Mir-281 Bko-Mir-281 Bla-Mir-281 Bpl-Mir-281 Cin-Mir-281 Csc-Mir-281 Cte-Mir-281 Dan-Mir-281-P2 Dgr-Mir-281 Dlo-Mir-281 Dma-Mir-281 Dme-Mir-281-P2-v1 Dpu-Mir-281 Dsi-Mir-281-P2-v1 Dya-Mir-281-P2-v1 Eba-Mir-281 Ebu-Mir-281 Egr-Mir-281 Esc-Mir-281 Gpa-Mir-281-P2-v1 Gsa-Mir-281 Hme-Mir-281 Hru-Mir-281 Isc-Mir-281 Lhy-Mir-281 Llo-Mir-281 Mgi-Mir-281 Mom-Mir-281 Npo-Mir-281 Obi-Mir-281 Ofu-Mir-281 Ovu-Mir-281 Pca-Mir-281 Pcr-Mir-281 Pdu-Mir-281 Pfl-Mir-281 Rph-Mir-281 Sko-Mir-281 Sma-Mir-281 Sme-Mir-281 Snu-Mir-281 Sto-Mir-281 Tca-Mir-281 Tur-Mir-281 War-Mir-281 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6496: 6376080-6376147 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-281-P2-v2) |
Mir-988
scaffold_6496: 6364119-6364177 [-]
Ensembl
Mir-281-P2-v1 scaffold_6496: 6376080-6376147 [-] Ensembl Mir-281-P2-v2 scaffold_6496: 6376080-6376147 [-] Ensembl Mir-281-P1-v1 scaffold_6496: 6376244-6376308 [-] Ensembl Mir-281-P1-v2 scaffold_6496: 6376245-6376307 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dmo-Mir-281-P2-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGAGAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGUCCCUCAGUUCUGCGAAUAGCGAAAUGAAGAGAGCUAUCCGUCGACAGUCAAGUUAUAUACAUAUUUUAAUACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUAAUAUUCGAAAAUCGACGAUAUAUAUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUGUCCCUCAGUUCUGC---| GCGAA UG UA- C CAAGUUAUAU GAAUA A AAGAGAGC UCCGU GACAGU A CUUAU U UUCUCUCG AGGUA CUGUCA C GUAUAUAUAGCAGCUAAAAG^ AAUA- GU UUA - UAAUUUUAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dmo-Mir-281-P2-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGAGAGCUAUCCGUCGACAGUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Co-mature sequence | Dmo-Mir-281-P2-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0008642 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- CUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUG -68
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dmo-Mir-281-P2-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGAGAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGUCCCUCAGUUCUGCGAAUAGCGAAAUGAAGAGAGCUAUCCGUCGACAGUCAAGUUAUAUACAUAUUUUAAUACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUAAUAUUCGAAAAUCGACGAUAUAUAUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUGUCCCUCAGUUCUGC---| GCGAA UG UA- C CAAGUUAUAU GAAUA A AAGAGAGC UCCGU GACAGU A CUUAU U UUCUCUCG AGGUA CUGUCA C GUAUAUAUAGCAGCUAAAAG^ AAUA- GU UUA - UAAUUUUAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dmo-Mir-281-P2-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGAGAGCUAUCCGUCGACAGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Co-mature sequence | Dmo-Mir-281-P2-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0008642 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- UGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUG -68
Get sequence
|
