| MirGeneDB ID | Dan-Mir-281-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-281 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dan-mir-281-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dan-Mir-281-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-281 Aga-Mir-281 Agr-Mir-281 Asu-Mir-281 Bfl-Mir-281 Bge-Mir-281 Bko-Mir-281 Bla-Mir-281 Bpl-Mir-281 Cin-Mir-281 Csc-Mir-281 Cte-Mir-281 Dgr-Mir-281 Dlo-Mir-281 Dma-Mir-281 Dme-Mir-281-P2-v1 Dmo-Mir-281-P2-v1 Dpu-Mir-281 Dsi-Mir-281-P2-v1 Dya-Mir-281-P2-v1 Eba-Mir-281 Ebu-Mir-281 Egr-Mir-281 Esc-Mir-281 Gpa-Mir-281-P2-v1 Gsa-Mir-281 Hme-Mir-281 Hru-Mir-281 Isc-Mir-281 Lhy-Mir-281 Llo-Mir-281 Mgi-Mir-281 Mom-Mir-281 Npo-Mir-281 Obi-Mir-281 Ofu-Mir-281 Ovu-Mir-281 Pca-Mir-281 Pcr-Mir-281 Pdu-Mir-281 Pfl-Mir-281 Rph-Mir-281 Sko-Mir-281 Sma-Mir-281 Sme-Mir-281 Snu-Mir-281 Sto-Mir-281 Tca-Mir-281 Tur-Mir-281 War-Mir-281 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_13266: 2568952-2569020 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-281-P2) |
Mir-281-P1-v1
scaffold_13266: 2568766-2568828 [+]
Ensembl
Mir-281-P1-v2 scaffold_13266: 2568767-2568827 [+] Ensembl Mir-281-P2 scaffold_13266: 2568952-2569020 [+] Ensembl Mir-988 scaffold_13266: 2579731-2579788 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGAGAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGCAAGGAUACUCCACGAAUAGUGAAAUGAAGAGAGCUAUCCGUCGACAGUCAAGUUAAAACACGGAUUGUAAUACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUAACAUUCGAAAGGCGACGAUAUCGGUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGCAAGGAUACUCCAC---| A GAA UG UA- C CAAGUUAAAAC GAAU GU A AAGAGAGC UCCGU GACAGU \ CUUA CA U UUCUCUCG AGGUA CUGUCA A GUGGCUAUAGCAGCGGAAAG^ - AUA GU UUA - UAAUGUUAGGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dan-Mir-281-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009182 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGAGAGCUAUCCGUCGACAGUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dan-Mir-281-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0008429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- CUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUG -69
Get sequence
|
