MirGeneDB ID | Cli-Mir-148-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-148 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-148b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Mir-148-P1 Cli-Mir-148-P1-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-148-P4 Ami-Mir-148-P4 Bta-Mir-148-P4 Cfa-Mir-148-P4 Cja-Mir-148-P4 Cmi-Mir-148-P4 Cpi-Mir-148-P4 Cpo-Mir-148-P4 Dno-Mir-148-P4 Ebu-Mir-148 Eca-Mir-148-P4 Ete-Mir-148-P4 Gga-Mir-148-P4 Gja-Mir-148-P4 Hsa-Mir-148-P4 Laf-Mir-148-P4 Lch-Mir-148-P4 Loc-Mir-148-P4 Mml-Mir-148-P4 Mmr-Mir-148-P4 Mmu-Mir-148-P4 Mun-Mir-148-P4 Neu-Mir-148-P4 Ocu-Mir-148-P4 Pab-Mir-148-P4 Pbv-Mir-148-P4 Rno-Mir-148-P4 Sha-Mir-148-P4 Spt-Mir-148-P4 Tgu-Mir-148-P4 Xla-Mir-148-P4a Xla-Mir-148-P4b Xtr-Mir-148-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold922: 322361-322420 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCCCUUGGCGAGCUGGCAGCGCCCGGGGCGAGGUUCUGUCCUACACUCCGGCUGUAGCUACAGACAGUCAGUGCAUCACAGAACUUGGUCCCGGGAGCUCGGGAGCGCCCGGAUCCGCGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCCCUUGGCGAGCUGGC--| G G CCUA CC GUAGC AGC CCCGGGGC AGGUUCUGU CACU GGCU U UCG GGGCCCUG UUCAAGACA GUGA CUGA A GCGCCUAGGCCCGCGAGGGC^ A G CUAC -- CAGAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cli-Mir-148-P4_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAGGUUCUGUCCUACACUCCGGCU -24
Get sequence
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Mature sequence | Cli-Mir-148-P4_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038544 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCAGUGCAUCACAGAACUUGGU -60
Get sequence
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