| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-421-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-421 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-421-P1-v1 Cfa-Mir-421-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-421-P1-v1 Cpo-Mir-421-P1 Dno-Mir-421-P1-v1 Eca-Mir-421-P1-v1 Hsa-Mir-421-P1-v1 Mml-Mir-421-P1-v1 Mmr-Mir-421-P1a Mmr-Mir-421-P1b Ocu-Mir-421-P1-v1 Pab-Mir-421-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chrX: 57590223-57590282 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-421-P1-v2) |
Mir-421-P2
chrX: 57550054-57550110 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-374-P2 chrX: 57550217-57550268 [-] UCSC Ensembl Mir-421-P1-v1 chrX: 57590222-57590284 [-] UCSC Ensembl Mir-421-P1-v2 chrX: 57590223-57590282 [-] UCSC Ensembl Mir-374-P1 chrX: 57590394-57590445 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cfa-Mir-421-P1-v2 |
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| Seed | UCAACAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAGAGCCCAGCCUGGCACAUUAGUAGGCCUCAGUAAAUGUUUAUUGGAUGAAUAAAUGAAUGACUCAUCAACAAACAUUUAUCGUGUGCCUGCUAAGGUGAUCUCCACAGGCUCUGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCAGAGCCCAGCCUGGC--- A CU --| AUUG AUAAAU AC UUAGUAGGC CA GUAAAUGUUU GAUGA \ UG AAUCGUCCG GU UAUUUACAAA CUACU G CAGGUCUCGGACACCUCUAG G U- GC^ CAA- CAGUAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-421-P1-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0009911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGUAAAUGUUUAUUGGAUGA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-545 miRDB: MIMAT0009911 |
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| Mature sequence | Cfa-Mir-421-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUCAACAAACAUUUAUCGUGUGC -60
Get sequence
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| Variant | Cfa-Mir-421-P1-v1 |
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| Seed | CAACAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCCAGAGCCCAGCCUGGCACAUUAGUAGGCCUCAGUAAAUGUUUAUUGGAUGAAUAAAUGAAUGACUCAUCAACAAACAUUUAUCGUGUGCCUGCUAAGGUGAUCUCCACAGGCUCUGGACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCCAGAGCCCAGCCUGG-- A CU --| AUUG AAUAAAU CAC UUAGUAGGC CA GUAAAUGUUU GAUG \ GUG AAUCGUCCG GU UAUUUACAAA CUAC G UCAGGUCUCGGACACCUCUA G U- GC^ CAA- UCAGUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-421-P1-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0009911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUCAGUAAAUGUUUAUUGGAUG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-545 miRDB: MIMAT0009911 |
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| Mature sequence | Cfa-Mir-421-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UCAACAAACAUUUAUCGUGUGCC -63
Get sequence
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