| MirGeneDB ID | Cel-Mir-279-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-279-P10 Cel-Mir-279-P11 Cel-Mir-279-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-279 Bpl-Mir-279 Cbr-Mir-279-P13 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrX: 4756991-4757052 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P13) |
Mir-279-P13
chrX: 4756991-4757052 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-o5 chrX: 4757123-4757186 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGUCUACAAAUUACCAGCUAUUUUCCAAGUAGAGAAAAGUUUCUAAUUACCCAUCAUGCACAAAUGUGGUGACUAGAGCCUAUUCUCUUCUUGGAAAAGUGGCGACUCUUGUCAAAAGUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUGUCUACAAAUUACCA- -| U A U A CAUCAUG GCUA UUUUCCAAG AGAGAA AG UUCUA UUACC C CGGU AAAAGGUUC UCUCUU UC GAGAU AGUGG A UAUGAAAACUGUUCUCAG G^ U A C C UGUAAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-279 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the Drosophila Mir-279s relate to the other invertebrate Mir-279s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending new data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-279-P13_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0015119 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGAGAAAAGUUUCUAAUUACC -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0015119 |
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| Mature sequence | Cel-Mir-279-P13_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000303 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGACUAGAGCCUAUUCUCUUCU -62
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000303 TargetScanWorm: cel-miR-247 |
