| MirGeneDB ID | Bla-Mir-4872-P31a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4872 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bla-Mir-4872-P1 Bla-Mir-4872-P2 Bla-Mir-4872-P3 Bla-Mir-4872-P4 Bla-Mir-4872-P5 Bla-Mir-4872-P6a Bla-Mir-4872-P6b Bla-Mir-4872-P6c Bla-Mir-4872-P7a Bla-Mir-4872-P7b Bla-Mir-4872-P8 Bla-Mir-4872-P9a Bla-Mir-4872-P9b Bla-Mir-4872-P9c Bla-Mir-4872-P10a Bla-Mir-4872-P10b Bla-Mir-4872-P11a Bla-Mir-4872-P11b Bla-Mir-4872-P12 Bla-Mir-4872-P13 Bla-Mir-4872-P14a Bla-Mir-4872-P14b Bla-Mir-4872-P15 Bla-Mir-4872-P16 Bla-Mir-4872-P17 Bla-Mir-4872-P18 Bla-Mir-4872-P19 Bla-Mir-4872-P20 Bla-Mir-4872-P21 Bla-Mir-4872-P22a Bla-Mir-4872-P22b Bla-Mir-4872-P22c Bla-Mir-4872-P23 Bla-Mir-4872-P24 Bla-Mir-4872-P25a Bla-Mir-4872-P25b Bla-Mir-4872-P25c Bla-Mir-4872-P26a Bla-Mir-4872-P26b Bla-Mir-4872-P26c Bla-Mir-4872-P27 Bla-Mir-4872-P28 Bla-Mir-4872-P29 Bla-Mir-4872-P30a Bla-Mir-4872-P30b Bla-Mir-4872-P30c Bla-Mir-4872-P31b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. lanceolatum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000044: 1562750-1562806 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4872-P31a) |
Mir-4872-P14b
Sc0000044: 1561476-1561534 [-]
Ensembl
Mir-4872-P31b Sc0000044: 1561992-1562048 [-] Ensembl Mir-4872-P30c Sc0000044: 1562344-1562400 [-] Ensembl Mir-4872-P31a Sc0000044: 1562750-1562806 [-] Ensembl Mir-4872-P30b Sc0000044: 1562950-1563006 [-] Ensembl Mir-4872-P30a Sc0000044: 1563150-1563206 [-] Ensembl Mir-4872-P29 Sc0000044: 1563350-1563406 [-] Ensembl Mir-4872-P6c Sc0000044: 1564104-1564162 [-] Ensembl Mir-4872-P28 Sc0000044: 1566732-1566788 [-] Ensembl Mir-4872-P25c Sc0000044: 1571338-1571396 [-] Ensembl Mir-4872-P26b Sc0000044: 1571716-1571772 [-] Ensembl Mir-4872-P27 Sc0000044: 1574777-1574835 [-] Ensembl Mir-4872-P26c Sc0000044: 1575184-1575240 [-] Ensembl Mir-4872-P25b Sc0000044: 1578704-1578762 [-] Ensembl Mir-4872-P26a Sc0000044: 1579208-1579264 [-] Ensembl Mir-4872-P25a Sc0000044: 1582296-1582354 [-] Ensembl Mir-4872-P22c Sc0000044: 1583521-1583579 [-] Ensembl Mir-4872-P22b Sc0000044: 1583822-1583880 [-] Ensembl Mir-4872-P24 Sc0000044: 1585024-1585082 [-] Ensembl Mir-4872-P23 Sc0000044: 1585615-1585673 [-] Ensembl Mir-4872-P22a Sc0000044: 1585913-1585971 [-] Ensembl Mir-4872-P21 Sc0000044: 1586185-1586243 [-] Ensembl Mir-4872-P20 Sc0000044: 1587403-1587463 [-] Ensembl Mir-4872-P19 Sc0000044: 1588092-1588152 [-] Ensembl |
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| Seed | UGCGGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCUCUCCCCUGGUUCGGGUCUUACUGGGUUUGCGGGGGGCUCACAUCAUGUGUUCACCUGCUACAUGAUGUAACUCCCCCGUAACCUCAUAGGACCUGUCAGCAACAAUAUGUCGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUCUCUCCCCUGGUUCG---| C U CUC GUUCA GGUCUUA UGGG UUGCGGGGGG ACAUCAUGU \ CCAGGAU ACUC AAUGCCCCCU UGUAGUACA C UGCUGUAUAACAACGACUGU^ - C CAA UCGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bla-Mir-4872-P31a_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGCGGGGGGCUCACAUCAUGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Bla-Mir-4872-P31a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUGAUGUAACUCCCCCGUAACC -57
Get sequence
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