| MirGeneDB ID | Bla-Mir-4872-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-4872 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bla-Mir-4872-P2 Bla-Mir-4872-P3 Bla-Mir-4872-P4 Bla-Mir-4872-P5 Bla-Mir-4872-P6a Bla-Mir-4872-P6b Bla-Mir-4872-P6c Bla-Mir-4872-P7a Bla-Mir-4872-P7b Bla-Mir-4872-P8 Bla-Mir-4872-P9a Bla-Mir-4872-P9b Bla-Mir-4872-P9c Bla-Mir-4872-P10a Bla-Mir-4872-P10b Bla-Mir-4872-P11a Bla-Mir-4872-P11b Bla-Mir-4872-P12 Bla-Mir-4872-P13 Bla-Mir-4872-P14a Bla-Mir-4872-P14b Bla-Mir-4872-P15 Bla-Mir-4872-P16 Bla-Mir-4872-P17 Bla-Mir-4872-P18 Bla-Mir-4872-P19 Bla-Mir-4872-P20 Bla-Mir-4872-P21 Bla-Mir-4872-P22a Bla-Mir-4872-P22b Bla-Mir-4872-P22c Bla-Mir-4872-P23 Bla-Mir-4872-P24 Bla-Mir-4872-P25a Bla-Mir-4872-P25b Bla-Mir-4872-P25c Bla-Mir-4872-P26a Bla-Mir-4872-P26b Bla-Mir-4872-P26c Bla-Mir-4872-P27 Bla-Mir-4872-P28 Bla-Mir-4872-P29 Bla-Mir-4872-P30a Bla-Mir-4872-P30b Bla-Mir-4872-P30c Bla-Mir-4872-P31a Bla-Mir-4872-P31b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. lanceolatum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000763: 536-594 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4872-P1) |
Mir-4872-P1
Sc0000763: 536-594 [+]
Ensembl
Mir-4872-P2 Sc0000763: 814-872 [+] Ensembl Mir-4872-P3 Sc0000763: 3248-3306 [+] Ensembl Mir-4872-P4 Sc0000763: 3382-3441 [+] Ensembl Mir-4872-P5 Sc0000763: 3908-3966 [+] Ensembl Mir-4872-P6a Sc0000763: 4209-4267 [+] Ensembl Mir-4872-P7a Sc0000763: 4448-4504 [+] Ensembl Mir-4872-P8 Sc0000763: 4854-4911 [+] Ensembl Mir-4872-P9b Sc0000763: 5661-5717 [+] Ensembl Mir-4872-P10a Sc0000763: 6063-6119 [+] Ensembl Mir-4872-P11b Sc0000763: 6541-6600 [+] Ensembl Mir-4872-P6b Sc0000763: 9162-9220 [+] Ensembl Mir-4872-P7b Sc0000763: 9401-9457 [+] Ensembl Mir-4872-P9a Sc0000763: 10207-10263 [+] Ensembl Mir-4872-P10b Sc0000763: 10414-10470 [+] Ensembl Mir-4872-P11a Sc0000763: 10892-10951 [+] Ensembl Mir-4872-P12 Sc0000763: 11249-11305 [+] Ensembl Mir-4872-P13 Sc0000763: 11455-11511 [+] Ensembl Mir-4872-P14a Sc0000763: 11768-11826 [+] Ensembl Mir-4872-P15 Sc0000763: 13652-13710 [+] Ensembl Mir-4872-P16 Sc0000763: 13823-13881 [+] Ensembl Mir-4872-P17 Sc0000763: 13997-14055 [+] Ensembl Mir-4872-P18 Sc0000763: 14787-14845 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UACGGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGAUGAUAUAAUGGUGGGUUACAAUGUGGAUACGGGGCAGUUAUAGUCAUGUCUCUGCUCGAUAACAUGGCAUAGCUUCCCCGUAACCAUAUUGGACCAGUUACCAACAGUAUACGAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAGAUGAUAUAAUGGUG---| A A C A CUCUG GGUU CAAUGUGG UACGGGG AGUUAU GUCAUGU C CCAG GUUAUACC AUGCCCC UCGAUA CGGUACA U UAGCAUAUGACAACCAUUGA^ - A U - AUAGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bla-Mir-4872-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACGGGGCAGUUAUAGUCAUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bla-Mir-4872-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUGGCAUAGCUUCCCCGUAACC -59
Get sequence
|
