| MirGeneDB ID | Bge-Mir-971 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-971 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cockroach (Blattella germanica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-971 Aga-Mir-971 Dan-Mir-971 Dlo-Mir-971 Dme-Mir-971 Dmo-Mir-971 Dsi-Mir-971 Dya-Mir-971 Gpa-Mir-971 Hme-Mir-971 Tca-Mir-971 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Bger_2.0) |
KZ615707.1: 119208-119269 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-971-v1) |
Mir-971-v2
KZ615707.1: 119207-119269 [+]
Ensembl
Mir-971-v1 KZ615707.1: 119208-119269 [+] Ensembl |
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| Variant | Bge-Mir-971-v1 |
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| Seed | ACUCUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGACUGCUGUGGAUAUCUCUGAGGUCCGUCCACUCUAAGCUCGAACACCAAGCCUGGAACCUGUACCGUUUGGUGUUCUACCUUACAGUGAGCGGACUUCAGUAGCAAGCAUCACGAUCAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGACUGCUGUGGAUAUCU--| UC C CUC CUGGAA CUGAGGUCCG CACU UAAG GAACACCAAGC C GACUUCAGGC GUGA AUUC CUUGUGGUUUG C GAACUAGCACUACGAACGAU^ GA C CAU CCAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bge-Mir-971-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACUCUAAGCUCGAACACCAAGC -23
Get sequence
|
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| Star sequence | Bge-Mir-971-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUGGUGUUCUACCUUACAGUGAG -62
Get sequence
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| Variant | Bge-Mir-971-v2 |
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| Seed | CACUCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGACUGCUGUGGAUAUCUCUGAGGUCCGUCCACUCUAAGCUCGAACACCAAGCCUGGAACCUGUACCGUUUGGUGUUCUACCUUACAGUGAGCGGACUUCAGUAGCAAGCAUCACGAUCAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGACUGCUGUGGAUAUCU-| UC C CUC CUGGAA CUGAGGUCCG CACU UAAG GAACACCAAGC C GACUUCAGGC GUGA AUUC CUUGUGGUUUG C GAACUAGCACUACGAACGAU^ GA C CAU CCAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bge-Mir-971-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCACUCUAAGCUCGAACACCAAGC -24
Get sequence
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| Star sequence | Bge-Mir-971-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UUGGUGUUCUACCUUACAGUGAG -63
Get sequence
|
