| MirGeneDB ID | Ami-Mir-126-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-126 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-126 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-126-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-126-P2-v1 Bta-Mir-126-P2-v1 Cfa-Mir-126-P2-v1 Cja-Mir-126-P2-v1 Cli-Mir-126-P2-v1 Cmi-Mir-126-P2-v1 Cpi-Mir-126-P2-v1 Cpo-Mir-126-P2-v1 Dno-Mir-126-P2-v1 Dre-Mir-126-P2a-v1 Dre-Mir-126-P2b-v1 Eca-Mir-126-P2-v1 Ete-Mir-126-P2-v1 Gga-Mir-126-P2-v1 Gja-Mir-126-P2-v1 Gmo-Mir-126-P2b-v1 Hsa-Mir-126-P2-v1 Laf-Mir-126-P2-v1 Lch-Mir-126-P2 Loc-Mir-126-P2-v1 Mal-Mir-126-P2b-v1 Mdo-Mir-126-P2-v1 Mml-Mir-126-P2-v1 Mmr-Mir-126-P2-v1 Mmu-Mir-126-P2-v1 Mun-Mir-126-P2-v1 Neu-Mir-126-P2-v1 Oan-Mir-126-P2-v1 Ocu-Mir-126-P2-v1 Pab-Mir-126-P2-v1 Pbv-Mir-126-P2-v1 Rno-Mir-126-P2-v1 Sha-Mir-126-P2-v1 Spt-Mir-126-P2 Sto-Mir-126-P2-v1 Tgu-Mir-126-P2-v1 Tni-Mir-126-P2b-v1 Xla-Mir-126-P2c Xla-Mir-126-P2d Xtr-Mir-126-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017713629.1: 19020338-19020396 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-126-P2-v3) |
Mir-126-P2-v1
NW_017713629.1: 19020338-19020396 [-]
UCSC
Mir-126-P2-v2 NW_017713629.1: 19020338-19020396 [-] UCSC Mir-126-P2-v3 NW_017713629.1: 19020338-19020396 [-] UCSC |
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| Variant | Ami-Mir-126-P2-v3 |
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| Seed | UCGUACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGGCGCGGCAGGCGAUGCUGGUGACGGCCCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUGUGACACUUCAAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCGCUGCGGCCAGCACCGGCGACGGACACAGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGGCGCGGCAGGCGAU--| GA C U CGCUGUGAC GCUGGU CGGC CAUUAUUACUU UGGUACG \ CGACCG GUCG GUAAUAAUGAG GCCAUGC A AAGACACAGGCAGCGGCCA^ GC C U UCAAACUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-126-P2-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCGCU -23
Get sequence
|
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| Mature sequence | Ami-Mir-126-P2-v3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCG -59
Get sequence
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| Variant | Ami-Mir-126-P2-v1 |
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| Seed | CGUACCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGGCGCGGCAGGCGAUGCUGGUGACGGCCCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUGUGACACUUCAAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCGCUGCGGCCAGCACCGGCGACGGACACAGAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAGGCGCGGCAGGCGAU--| GA C U CGCUGUGAC GCUGGU CGGC CAUUAUUACUU UGGUACG \ CGACCG GUCG GUAAUAAUGAG GCCAUGC A AAGACACAGGCAGCGGCCA^ GC C U UCAAACUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-126-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCGC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-126-P2-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCGUACCGUGAGUAAUAAUGCG -59
Get sequence
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Ami-Mir-126-P2-v2 |
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| Seed | AUUAUUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGGCGCGGCAGGCGAUGCUGGUGACGGCCCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUGUGACACUUCAAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCGCUGCGGCCAGCACCGGCGACGGACACAGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGGCGCGGCAGGCGAU--| GA C U CGCUGUGAC GCUGGU CGGC CAUUAUUACUU UGGUACG \ CGACCG GUCG GUAAUAAUGAG GCCAUGC A AAGACACAGGCAGCGGCCA^ GC C U UCAAACUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-126-P2-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCG -21
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Mir-126-P2-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CGUACCGUGAGUAAUAAUGCG -59
Get sequence
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