| MirGeneDB ID | Xla-Mir-2188-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-2188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-2188 Ami-Mir-2188 Cli-Mir-2188 Cmi-Mir-2188 Cpi-Mir-2188 Dre-Mir-2188 Gga-Mir-2188 Gja-Mir-2188 Gmo-Mir-2188 Lch-Mir-2188 Loc-Mir-2188 Mal-Mir-2188 Mdo-Mir-2188 Mun-Mir-2188 Oan-Mir-2188 Pbv-Mir-2188 Sha-Mir-2188 Spt-Mir-2188 Sto-Mir-2188 Tgu-Mir-2188 Tni-Mir-2188 Xtr-Mir-2188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030728.1: 123489911-123489968 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUCCUCUGGAGAAUAUCGGGCGUGUGGGAAAGGUCCAGCCUCAUAUGUCCUGUGAUCCUGAGGGGGAGAUAUGUGGUCAGACCUGUCCCACAGGUCGUGUAUUCUACCCUGACCUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGUCCUCUGGAGAAUAUCG--| G A CA U G GUGAU GGC UGUGGGA AGGUC GCC CAUAU UCCU C CUG ACACCCU UCCAG UGG GUAUA AGGG C ACUCCAGUCCCAUCUUAUGUG^ G G AC U G GGAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-2188-P1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGGUCCAGCCUCAUAUGUCCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-2188-P1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GAGAUAUGUGGUCAGACCUGUC -58
Get sequence
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