| MirGeneDB ID | Gja-Mir-2188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-2188 Ami-Mir-2188 Cli-Mir-2188 Cmi-Mir-2188 Cpi-Mir-2188 Dre-Mir-2188 Gga-Mir-2188 Gmo-Mir-2188 Lch-Mir-2188 Loc-Mir-2188 Mal-Mir-2188 Mdo-Mir-2188 Mun-Mir-2188 Oan-Mir-2188 Pbv-Mir-2188 Sha-Mir-2188 Spt-Mir-2188 Sto-Mir-2188 Tgu-Mir-2188 Tni-Mir-2188 Xla-Mir-2188-P1 Xla-Mir-2188-P2 Xtr-Mir-2188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015164186.1: 1585193-1585252 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCACCUGGGGGAAUAUCAGACUUGUGGUAAAGGUCCAACCUCACGUGUCCUGUAUGUGAUAAAGAGGGAUACGUGUGGUCAGACCUACCCCACAAGCCCUGUAUUCUCACACUAACAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCCACCUGGGGGAAUAU- A-| UAA CA U GUAUGU CAG CUUGUGG AGGUC ACC CACGUGUCCU G GUC GAACACC UCCAG UGG GUGCAUAGGG A AGACAAUCACACUCUUAU CC^ CCA AC U AGAAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gja-Mir-2188_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGGUCCAACCUCACGUGUCCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Gja-Mir-2188_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GAUACGUGUGGUCAGACCUACC -60
Get sequence
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