| MirGeneDB ID | Xbo-Mir-92-o87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Xenoturbella (Xenoturbella bocki) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xbo-Mir-92-o86 Xbo-Mir-92-o88 Xbo-Mir-92-o89 Xbo-Mir-92-o90 Xbo-Mir-92-o91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. bocki | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (genome.xe) |
scaffold1212: 23646-23707 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o87) |
Mir-92-o86
scaffold1212: 17028-17087 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-92-o87 scaffold1212: 23646-23707 [+] UCSC Ensembl Mir-92-o88 scaffold1212: 24644-24704 [+] UCSC Ensembl Mir-92-o89 scaffold1212: 25094-25154 [+] UCSC Ensembl Mir-92-o90 scaffold1212: 25425-25485 [+] UCSC Ensembl Mir-92-o91 scaffold1212: 25619-25678 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUGUUGUUGAUUUAUAGGGCCGUCUAUUCCAGCCGGGUCAGUGAGGUGUUUUGUAUUGCUAAUAAAUACUGCACUUGUCCCGGCCUGGCAUUGAUCCCUACCAUCCUACUACUACUAUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUUGUUGUUGAUUUAU----| CC U U - U - A UUGUAU AGGG GUC AU CCAG CCGGG CA GUG GGUGUU U UCCC UAG UA GGUC GGCCC GU CAC UCAUAA G UUUAUCAUCAUCAUCCUACCA^ -- U C C U U G AUAAUC 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xbo-Mir-92-o87_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCAGCCGGGUCAGUGAGGUGUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xbo-Mir-92-o87_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACUGCACUUGUCCCGGCCUGGCA -62
Get sequence
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