| MirGeneDB ID | Sto-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sto-Mir-455-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gja-Mir-455 Lch-Mir-455 Mun-Mir-455 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Spt-Mir-455 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01000216.1: 682946-683005 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v2) |
Mir-455-v2
BFAA01000216.1: 682946-683005 [+]
Mir-455-v3 BFAA01000216.1: 682946-683005 [+] Mir-455-v1 BFAA01000216.1: 682947-683004 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Sto-Mir-455-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCCGACGCAGCUCGAUCCCUGGUGUGAGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCUUUGUUCAUCACUUGCACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGCCGACGCAGCUCGAU--| C U UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CACGUUCACUACUUGUUUC^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sto-Mir-455-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUGUGCCCUUGGACUACAU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sto-Mir-455-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Sto-Mir-455-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCGACGCAGCUCGAUCCCUGGUGUGAGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCUUUGUUCAUCACUUGCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCCGACGCAGCUCGAUC- -| U UG G U A C UGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C C ACGUUCACUACUUGUUUC A^ C GU A U C C ACGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sto-Mir-455-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGUGCCCUUGGACUACAUCG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sto-Mir-455-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUGCAGUCCAUGGGCAUAUACA -58
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Sto-Mir-455-v3 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCAGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCCGACGCAGCUCGAUCCCUGGUGUGAGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCUUUGUUCAUCACUUGCACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGCCGACGCAGCUCGAU--| C U UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CACGUUCACUACUUGUUUC^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sto-Mir-455-v3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUGUGCCCUUGGACUACAUC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sto-Mir-455-v3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
|
