| MirGeneDB ID | Sha-Mir-490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-490 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-490 Ami-Mir-490 Bta-Mir-490 Cfa-Mir-490 Cja-Mir-490 Cli-Mir-490 Cpi-Mir-490 Cpo-Mir-490 Dno-Mir-490 Eca-Mir-490 Ete-Mir-490 Gga-Mir-490 Gja-Mir-490 Hsa-Mir-490 Laf-Mir-490 Mdo-Mir-490 Mml-Mir-490 Mmr-Mir-490 Mmu-Mir-490 Neu-Mir-490 Oan-Mir-490 Ocu-Mir-490 Pab-Mir-490 Pbv-Mir-490 Rno-Mir-490 Spt-Mir-490 Tgu-Mir-490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL861657.1: 106432-106492 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AACCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAUUGGUUUUGAAAGUUCACAGUUUAACACCAUGGAUCUCCAGGUGGGUCAAGGUUAAAAAAUGUACCAACCUGGAAUACUCCAUGUUGUUGAGCUGUUCACUAGCAUCAGAUACCAAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACAUUGGUUUUGAAAGUUC--- C UC--| G CAAGGUU ACAGUUUAACA CAUGGA UCCAGGU GGU A UGUCGAGUUGU GUACCU AGGUCCA CCA A AUAACCAUAGACUACGAUCACU U CAUA^ A UGUAAAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sha-Mir-490_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCAUGGAUCUCCAGGUGGGUC -21
Get sequence
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| Mature sequence | Sha-Mir-490_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAACCUGGAAUACUCCAUGUUGU -61
Get sequence
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