| MirGeneDB ID | Cja-Mir-490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-490 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-490 Ami-Mir-490 Bta-Mir-490 Cfa-Mir-490 Cli-Mir-490 Cpi-Mir-490 Cpo-Mir-490 Dno-Mir-490 Eca-Mir-490 Ete-Mir-490 Gga-Mir-490 Gja-Mir-490 Hsa-Mir-490 Laf-Mir-490 Mdo-Mir-490 Mml-Mir-490 Mmr-Mir-490 Mmu-Mir-490 Neu-Mir-490 Oan-Mir-490 Ocu-Mir-490 Pab-Mir-490 Pbv-Mir-490 Rno-Mir-490 Sha-Mir-490 Spt-Mir-490 Tgu-Mir-490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021922.1: 107654047-107654107 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AACCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUGCUGGUUUGGAAAGUUCAUUGUUCGACACCAUGGAUCUCCAGGUGGGUCAAGUUUAGAGAUGCACCAACCUGGAGGACUCCAUGCUGUUGAGCUGUUCACACGCAGCGGACACUUCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUUGCUGGUUUGGAAAGUUCAUU-- C --| G CAAGUUU GUUCGACA CAUGGA UCUCCAGGU GGU \ CGAGUUGU GUACCU GGAGGUCCA CCA A ACCUUCACAGGCGACGCACACUUGU C CA^ A CGUAGAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cja-Mir-490_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCAUGGAUCUCCAGGUGGGU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Cja-Mir-490_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAACCUGGAGGACUCCAUGCUGU -61
Get sequence
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