| MirGeneDB ID | Pve-Mir-92-o98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Vernerds tusk shell (Pictodentalium vernedei) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pve-Mir-92-o99 Pve-Mir-92-o100 Pve-Mir-92-o101 Pve-Mir-92-o102 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Dentaliidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pve_genome_chr_only) |
Pve_Chr5: 212134936-212134993 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o98) |
Mir-92-o101
Pve_Chr5: 212132207-212132264 [+]
Ensembl
Mir-92-o100 Pve_Chr5: 212132384-212132441 [+] Ensembl Mir-92-o99 Pve_Chr5: 212132835-212132894 [+] Ensembl Mir-92-o98 Pve_Chr5: 212134936-212134993 [+] Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUAUGCGAUGAGACAUACGAUGGUAGUAUAGGUCGUGAUUUUUGCAAUAUUUGUCAUUAAAAUCAAAUUGCACUUGUCCCGGCCUACAUGACCACACUGGCAGCUUAAUGUUAGUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUAUGCGAUGAGACAUACGA--| A A U UUU AU UCAU UGGU GU UAGGUCG GAU UGCAAU UUG U ACCA UA AUCCGGC CUG ACGUUA AAC A CUUGAUUGUAAUUCGACGGUCAC^ G C C UUC -- UAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-92 genes were present in the last common ancestor of bilaterians and how the vertebrate Mir-92s relate to the invertebrate Mir-92s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as oPveans pending additional data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pve-Mir-92-o98_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUCGUGAUUUUUGCAAUAUUUG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Pve-Mir-92-o98_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AAUUGCACUUGUCCCGGCCUAC -58
Get sequence
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