| MirGeneDB ID | Pma-Mir-203-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pma-mir-203b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pma-Mir-203-o1 Pma-Mir-203-o2-v1 Pma-Mir-203-o3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-203-P2-v1 Gmo-Mir-203-P2-v1 Lch-Mir-203 Mal-Mir-203-P2-v1 Spt-Mir-203 Tni-Mir-203-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046085.1: 5367436-5367495 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-o2-v2) |
Mir-203-o2-v1
NC_046085.1: 5367436-5367495 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-203-o2-v2 NC_046085.1: 5367436-5367495 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Pma-Mir-203-o2-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGACCGGAUUUGCCAUGGUUACCGAGUGCAGUGGUUCUAACCAGUUCAACAGUUCUCUACUGAAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACUCGGUAGCUCCAGUUCUGCCCCCCCACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACGACCGGAUUUGCCAU--| GC C G A GUUCUCU GGUUACCGAGU AGUGGUUCUAA CA UUCA CA \ UCGAUGGCUCA UCACCAGGAUU GU AAGU GU A CCACCCCCCCGUCUUGACC^ GU U A - UAAAGUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pma-Mir-203-o2-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0019513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUAACCAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pma-Mir-203-o2-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0019514 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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| Variant | Pma-Mir-203-o2-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGACCGGAUUUGCCAUGGUUACCGAGUGCAGUGGUUCUAACCAGUUCAACAGUUCUCUACUGAAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACUCGGUAGCUCCAGUUCUGCCCCCCCACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACGACCGGAUUUGCCAU--| GC C G A UUCUCU GGUUACCGAGU AGUGGUUCUAA CA UUCA CAG \ UCGAUGGCUCA UCACCAGGAUU GU AAGU GUU A CCACCCCCCCGUCUUGACC^ GU U A - AAAGUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pma-Mir-203-o2-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0019513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUAACCAGUUCAACAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Pma-Mir-203-o2-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0019514 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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