| MirGeneDB ID | Pcr-Mir-216-P2o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tiger flatworm (Prostheceraeus crozieri ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pcr-Mir-216-P1 Pcr-Mir-216-P2o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aga-Mir-216-P2 Asu-Mir-216-P2 Ava-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bko-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Csc-Mir-216-P2 Dan-Mir-216-P2 Dlo-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dpu-Mir-216-P2 Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Hme-Mir-216-P2 Isc-Mir-216-P2 Pca-Mir-216-P2 Tca-Mir-216-P2 Tur-Mir-216-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. crozeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_907163375.1_PROCRO_GENOME_genomic) |
CAJQUW010001040.1: 133912-133972 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2o1-v1) |
Mir-12
CAJQUW010001040.1: 128016-128074 [-]
Ensembl
Mir-216-P2o1-v1 CAJQUW010001040.1: 133912-133972 [-] Ensembl Mir-216-P2o1-v2 CAJQUW010001040.1: 133913-133971 [-] Ensembl Mir-216-P2o2 CAJQUW010001040.1: 151090-151170 [-] Ensembl |
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| Variant | Pcr-Mir-216-P2o1-v1 |
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| Seed | AAUCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGCACGCUUUUCUUAACGCUUUCAUGACAUAAUCUCAGCCGGUAAUGGUGAAACGUAAUGAUUCUGUUCACCUUACCGAGUGAGGUAAUGUUACGAGUGUUGACACGCUUGCAAACUUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGCACGCUUUUCUUAA----| UCA A GC U ACGUAA CGCUU UGACAU AUCUCA CGGUAA GGUGAA U GUGAG AUUGUA UGGAGU GCCAUU CCACUU G ACUUCAAACGUUCGCACAGUU^ C-- A GA - GUCUUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pcr-Mir-216-P2o1-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCUCAGCCGGUAAUGGUGAA -23
Get sequence
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| Star sequence | Pcr-Mir-216-P2o1-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CACCUUACCGAGUGAGGUAAUG -61
Get sequence
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| Variant | Pcr-Mir-216-P2o1-v2 |
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| Seed | AUCUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCACGCUUUUCUUAACGCUUUCAUGACAUAAUCUCAGCCGGUAAUGGUGAAACGUAAUGAUUCUGUUCACCUUACCGAGUGAGGUAAUGUUACGAGUGUUGACACGCUUGCAAACUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGCACGCUUUUCUUAAC--| U A A GC U ACGUAA GC UUC UGACAU AUCUCA CGGUAA GGUGAA U UG GAG AUUGUA UGGAGU GCCAUU CCACUU G CUUCAAACGUUCGCACAGU^ U C A GA - GUCUUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pcr-Mir-216-P2o1-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUCUCAGCCGGUAAUGGUGAAA -23
Get sequence
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| Star sequence | Pcr-Mir-216-P2o1-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCACCUUACCGAGUGAGGUAAU -59
Get sequence
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