| MirGeneDB ID | Pbv-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pbv-mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pbv-Mir-147-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-147 Cja-Mir-147 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Eca-Mir-147 Gga-Mir-147 Lch-Mir-147 Mdo-Mir-147 Mml-Mir-147 Mmr-Mir-147 Mmu-Mir-147 Neu-Mir-147 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pab-Mir-147 Pma-Mir-147 Sha-Mir-147 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 Tni-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE953790.1: 50397-50454 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-147-v2) |
Mir-147-v1
KE953790.1: 50396-50455 [-]
Mir-147-v2 KE953790.1: 50397-50454 [-] |
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| Variant | Pbv-Mir-147-v2 |
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| Seed | GUGUGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCCCUCCAAACAACACUCUAUGAAUCUAGUGGAAUCACUUCUGCACAAACUAGAGGAUUGAAACCAGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUACAUUUUUAGAGUCUUCCUCCACUAUGUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCCCCUCCAAACAACAC--| U C UG U C AACUAGAGG UCUA GAAU UAG GAA CA UUCUGCACA A AGAU UUUA AUC CUU GU AAGGCGUGU U UUUGUAUCACCUCCUUCUG^ U C GU C A GACCAAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pbv-Mir-147-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAAUCACUUCUGCACAAACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pbv-Mir-147-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCU -58
Get sequence
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| Variant | Pbv-Mir-147-v1 |
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| Seed | UGUGCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCCCCUCCAAACAACACUCUAUGAAUCUAGUGGAAUCACUUCUGCACAAACUAGAGGAUUGAAACCAGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUACAUUUUUAGAGUCUUCCUCCACUAUGUUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGCCCCUCCAAACAACA--| U C UG U C AACUAGAGG CUCUA GAAU UAG GAA CA UUCUGCACA A GAGAU UUUA AUC CUU GU AAGGCGUGU U UUUUGUAUCACCUCCUUCU^ U C GU C A GACCAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pbv-Mir-147-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGGAAUCACUUCUGCACAAAC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pbv-Mir-147-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUA -60
Get sequence
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