| MirGeneDB ID | Pab-Mir-708 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-708 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-708 Cfa-Mir-708 Cja-Mir-708 Cpo-Mir-708 Dno-Mir-708 Eca-Mir-708 Ete-Mir-708 Hsa-Mir-708 Laf-Mir-708 Mml-Mir-708 Mmr-Mir-708 Mmu-Mir-708 Ocu-Mir-708 Rno-Mir-708 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054688.2: 81469692-81469760 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-708) |
Mir-708
CM054688.2: 81469692-81469760 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-5579 CM054688.2: 81489775-81489832 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGGAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUGCUGUGUGUGAAAUGGUAACUGCCCUCAAGGAGCUUACAAUCUAGCUGGGGGUAAAUGACUUGCACAUGAACACAACUAGACUGUGAGCUUCUAGAGGGCAGGGACCUUACCCUAGUCAUCUCUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUGCUGUGUGUGAAAU--| AA A A C GGGGUAAAUGAC GGU CUGCCCUC AGGAGCUUACA UCUAG UG \ CCA GACGGGAG UCUUCGAGUGU AGAUC AC U UCUCUCUACUGAUCCCAUU^ GG A C A ACAAGUACACGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-708_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGGAGCUUACAAUCUAGCUGGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-708_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- CAACUAGACUGUGAGCUUCUAGA -69
Get sequence
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