MirGeneDB ID | Pab-Mir-1301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1301 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-1301 Cfa-Mir-1301 Cja-Mir-1301 Cpo-Mir-1301 Dno-Mir-1301 Eca-Mir-1301 Ete-Mir-1301 Hsa-Mir-1301 Mml-Mir-1301 Mmr-Mir-1301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054691.2: 107457658-107457717 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGCGACCCCUAGAAUGGGGAUUGUGGGGGGUCGCUCUAGGCACCGCAGCACUGUGCUGGGGAUGUUGCAGCUGCCUGGGAGUGACUUCACACAGUCCUCUCUGCCUCCAGGGUCACCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CAAGCGACCCCUAGAAU-- G - CC-| CUGUG GGGGAUUGUG GGGGUCGCU CUAGGCA GCAGCA C CUCCUGACAC CUUCAGUGA GGUCCGU CGUUGU U CCCACUGGGACCUCCGUCU A G CGA^ AGGGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pab-Mir-1301_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGUCGCUCUAGGCACCGCAGCA -22
Get sequence
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Mature sequence | Pab-Mir-1301_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UUGCAGCUGCCUGGGAGUGACUUC -60
Get sequence
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