| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-1301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1301 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-1301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1301 Cfa-Mir-1301 Cja-Mir-1301 Dno-Mir-1301 Eca-Mir-1301 Ete-Mir-1301 Hsa-Mir-1301 Mml-Mir-1301 Mmr-Mir-1301 Pab-Mir-1301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_18: 7256957-7257016 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGCAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGUGACCCCGAGAAUGGGGGUUGUGGGGGGUCACUCUAGGCACCGCAGCACUGUGCUGGGGAUGUUGCAGCUGCCUGGGAGUGACUUCACACCGUCCUCUCUGCCUCCAGGGUCACCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAAGUGACCCCGAGAAU-- UU G - CC-| CUGUG GGGGG GUG GGGGUCACU CUAGGCA GCAGCA C CUCCU CAC CUUCAGUGA GGUCCGU CGUUGU U CCCACUGGGACCUCCGUCU GC A G CGA^ AGGGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-1301_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047419 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUCACUCUAGGCACCGCAGCA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-1301_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047420 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UUGCAGCUGCCUGGGAGUGACUUC -60
Get sequence
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