MirGeneDB ID | Pab-Mir-1251 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1251 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-1251 Cfa-Mir-1251 Cja-Mir-1251 Cpo-Mir-1251 Dno-Mir-1251 Eca-Mir-1251 Ete-Mir-1251 Hsa-Mir-1251 Laf-Mir-1251 Mdo-Mir-1251 Mml-Mir-1251 Mmr-Mir-1251 Mmu-Mir-1251 Neu-Mir-1251 Ocu-Mir-1251 Rno-Mir-1251 Sha-Mir-1251 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054689.2: 96023777-96023835 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUCUAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACCCGAGCAUCCAUGGGUCAGCUAUGUGGACUCUAGCUGCCAAAGGCGCUUCUCCUUCUGAACAGAGCGCUUUGCUCAGCCAGUGUAGACAUGGCCUGAUAAACAAUGGAACUUCUCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CACCCGAGCAUCCAUGG- -| GG U A CCA UCUCCUU GUCA GCUAUGU AC CU GCUG AAGGCGCU \ UAGU CGGUACA UG GA CGAC UUUCGCGA C CCUCUUCAAGGUAACAAA C^ GA U C UCG GACAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pab-Mir-1251_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUCUAGCUGCCAAAGGCGCU -21
Get sequence
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Star sequence | Pab-Mir-1251_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CGCUUUGCUCAGCCAGUGUAG -59
Get sequence
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