MirGeneDB ID | Ocu-Mir-7-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-7a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-7-P1 Ocu-Mir-7-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-7 Aca-Mir-7-P2 Ami-Mir-7-P2 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Bta-Mir-7-P2 Cfa-Mir-7-P2 Cgi-Mir-7 Cin-Mir-7 Cli-Mir-7-P2 Cmi-Mir-7-P2 Cpi-Mir-7-P2 Cpo-Mir-7-P2 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dno-Mir-7-P2 Dre-Mir-7-P2b Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Esc-Mir-7 Ete-Mir-7-P2 Gga-Mir-7-P2c Gga-Mir-7-P2d Gja-Mir-7-P2 Gmo-Mir-7-P2a Hme-Mir-7 Hsa-Mir-7-P2 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lch-Mir-7-P2 Lgi-Mir-7 Loc-Mir-7-P2 Lpo-Mir-7 Mal-Mir-7-P2a Mdo-Mir-7-P2 Mml-Mir-7-P2 Mmu-Mir-7-P2 Mun-Mir-7-P2 Npo-Mir-7 Oan-Mir-7-P2 Obi-Mir-7 Ovu-Mir-7 Pbv-Mir-7-P2 Pfl-Mir-7 Pma-Mir-7-o2 Pmi-Mir-7 Rno-Mir-7-P2 Sha-Mir-7-P2 Sko-Mir-7 Spt-Mir-7-P2 Spu-Mir-7 Sto-Mir-7-P2 Tca-Mir-7 Tgu-Mir-7-P2 Xbo-Mir-7 Xla-Mir-7-P2e Xla-Mir-7-P2f Xtr-Mir-7-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0030: 1064317-1064380 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAUUCAUUGGAUGUUGGCCUAGUUCUGUGUGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUUUUUAGAUAACUAAAUCGACAACAAAUCACAGUCUGCCAUAUGGCACAGGCCAUGCCUCUACAGGACAAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAUUCAUUGGAUGUUG---| A U A A U UUUAGAU GCCU GU CUGUGUGG AGACU GUGAUUU GUUGUU A CGGA CA GGUAUACC UCUGA CACUAAA CAACAG A UAAACAGGACAUCUCCGUAC^ - C G - - CUAAAUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ocu-Mir-7-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048093 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ocu-Mir-7-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048094 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CAACAAAUCACAGUCUGCCAUA -64
Get sequence
|