| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-196-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-196 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-196a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-196-P1 Ocu-Mir-196-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-196-P3 Ami-Mir-196-P3 Bta-Mir-196-P3 Cfa-Mir-196-P3 Cin-Mir-196 Cja-Mir-196-P3 Cli-Mir-196-P3 Cmi-Mir-196-P3 Cpi-Mir-196-P3 Cpo-Mir-196-P3 Dno-Mir-196-P3 Dre-Mir-196-P3a Eca-Mir-196-P3 Gga-Mir-196-P3 Gja-Mir-196-P3 Hsa-Mir-196-P3 Laf-Mir-196-P3 Lch-Mir-196-P3 Loc-Mir-196-P3 Mal-Mir-196-P3a Mdo-Mir-196-P3 Mml-Mir-196-P3 Mmr-Mir-196-P3 Mmu-Mir-196-P3 Neu-Mir-196-P3 Pab-Mir-196-P3 Pbv-Mir-196-P3 Pma-Mir-196-o3 Rno-Mir-196-P3 Sha-Mir-196-P3 Spt-Mir-196-P3 Sto-Mir-196-P3 Tni-Mir-196-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chr19: 38730720-38730779 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGAGCUGGAACUGGAACUGCUGGGUGAAUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGCCUGGGUCUCUGAACACAACGACAUGGAACCACCUGACUCACGGCAGUUACUGCUCCUCGCUUAGCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGGAGCUGGAACUGGAA----| GG A A GGCCUGGG CUGCU GUGA UUAGGU GUUUCAUGUUGUUG U GACGG CACU AGUCCA CAAGGUACAGCAAC C GUCGAUUCGCUCCUCGUCAUU^ -- C C ACAAGUCU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ocu-Mir-196-P3_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0048311 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGG -22
Get sequence
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| Star sequence | Ocu-Mir-196-P3_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048312 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAACGACAUGGAACCACCUGAC -60
Get sequence
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