MirGeneDB ID | Neu-Mir-7371-o30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7371 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tammar Wallaby (Notamacropus eugenii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Neu-Mir-7371-o29 Neu-Mir-7371-o31-v1 Neu-Mir-7371-o32-v1 Neu-Mir-7371-o33 Neu-Mir-7371-P11 Neu-Mir-7371-P12a Neu-Mir-7371-P12b Neu-Mir-7371-P15 Neu-Mir-7371-P17 Neu-Mir-7371-P18 Neu-Mir-7371-P19-v1 Neu-Mir-7371-P20 Neu-Mir-7371-P24 Neu-Mir-7371-P25 Neu-Mir-7371-P28a Neu-Mir-7371-P28b Neu-Mir-7371-P29 Neu-Mir-7371-P39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Mdo-Mir-7371-P30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | N. eugenii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028372415.1_mMacEug1.pri) |
CM051820.1: 69294479-69294539 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7371-o30) |
Mir-7371-o33
CM051820.1: 69271675-69271736 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-7371-o32-v2 CM051820.1: 69280802-69280864 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o32-v1 CM051820.1: 69280803-69280863 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o31-v2 CM051820.1: 69292320-69292382 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o31-v1 CM051820.1: 69292321-69292381 [-] UCSC Ensembl Mir-7371-o30 CM051820.1: 69294479-69294539 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUUUGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGGUCUCAGUCUCUUUCCUCUACUUGCCCUCUUUGUAUCAGAGAUUGUCUUGUGUAGAUGUCAUCAAAGACACUGUCUGGUACAAAGGAGGUGUUUGGGGUACCACACUCUCUUUUUGAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUGGUCUCAGUCUCUUUC--| CU CU GAU UGUGUAGA CUCUA UGCC CUUUGUAUCAGA UGUCU \ GGGGU GUGG GAAACAUGGUCU ACAGA U AAGUUUUUCUCUCACACCAU^ UU AG GUC AACUACUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Neu-Mir-7371-o30_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUUUGUAUCAGAGAUUGUCU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Neu-Mir-7371-o30_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- ACACUGUCUGGUACAAAGGAG -61
Get sequence
|