MirGeneDB ID | Mun-Mir-221-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-221 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Microcaecilia (Microcaecilia unicolor) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mun-Mir-221-P1a Mun-Mir-221-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-221-P1c Ami-Mir-221-P1c Cli-Mir-221-P1c Cmi-Mir-221-P1c Cpi-Mir-221-P1c Dre-Mir-221-P1c Gga-Mir-221-P1c Gja-Mir-221-P1c Lch-Mir-221-P1c Loc-Mir-221-P1c Oan-Mir-221-P1c Pbv-Mir-221-P1c Spt-Mir-221-P1c Sto-Mir-221-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_901765095.2_aMicUni1.2) |
LR594638.1: 67393590-67393656 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGACCCUUGAGAUUCGGUGUUGGCUGGCUGCUCAGUAGUCAGUGUAGGAUCUGUAUGACUUUACUAAAAACAGCUACAUCUGAUUACUGGGUCACCAGCAACAUUGUCGCACUGCUGGAGCCCUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAGACCCUUGAGAUUC---| G CU - GAUCUGUAUGAC GGUGUUG CUGG GCUCAGUAGUCAG UGUAG U UUACAAC GACC UGGGUCAUUAGUC ACAUC U UUCCCGAGGUCGUCACGCUG^ - AC U GACAAAAAUCAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mun-Mir-221-P1c_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCUCAGUAGUCAGUGUAGGAUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mun-Mir-221-P1c_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- AGCUACAUCUGAUUACUGGGUCAC -67
Get sequence
|