MirGeneDB ID | Gja-Mir-221-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-221 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gja-Mir-221-P1a Gja-Mir-221-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-221-P1c Ami-Mir-221-P1c Cli-Mir-221-P1c Cmi-Mir-221-P1c Cpi-Mir-221-P1c Dre-Mir-221-P1c Gga-Mir-221-P1c Lch-Mir-221-P1c Loc-Mir-221-P1c Mun-Mir-221-P1c Oan-Mir-221-P1c Pbv-Mir-221-P1c Spt-Mir-221-P1c Sto-Mir-221-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015224181.1: 293-356 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAAGCAUUCAAGAUCUGAUGUGCGCGGGCUGCUCAGUAGUCAGUGUAGGAUCUGUCUGACCACACGAACAGCUACAUCUGAUUACUGGGUCUCCUGCGCCAUCACCGCCCACAGUCCCCAAAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAAGCAUUCAAGAUCU---| U CU - GAU CUGAC GAUG GCGCGGG GCUCAGUAGUCAG UGUAG CUGU C CUAC CGCGUCC UGGGUCAUUAGUC ACAUC GACA A GAAACCCCUGACACCCGCCA^ - UC U --- AGCAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gja-Mir-221-P1c_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCUCAGUAGUCAGUGUAGGAUCUGU -26
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gja-Mir-221-P1c_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- AGCUACAUCUGAUUACUGGGUCUC -64
Get sequence
|