| MirGeneDB ID | Mom-Mir-2-o88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Mossy chiton (Mopalia muscosa) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mom-Mir-2-o85-v1 Mom-Mir-2-o86 Mom-Mir-2-o89 Mom-Mir-2-P12f Mom-Mir-2-P12g Mom-Mir-2-P12h Mom-Mir-2-P12i Mom-Mir-2-P12j Mom-Mir-2-P12k | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. mucosa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_031763545.1_ASM3176354v1_genomic_Mom) |
JARFOD010000037.1: 52221-52280 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o88) |
Mir-71
JARFOD010000037.1: 48527-48588 [+]
Ensembl
Mir-2-o85-v1 JARFOD010000037.1: 49292-49353 [+] Ensembl Mir-2-o85-v2 JARFOD010000037.1: 49292-49352 [+] Ensembl Mir-2-o88 JARFOD010000037.1: 52221-52280 [+] Ensembl Mir-2-o89 JARFOD010000037.1: 52665-52722 [+] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUGGUUGCCAUGUGGAGGAGAUGCCAGAUUCAUCACAGUGGUUUUGAUGUGUGGUUAUAAUGUUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGUUCUGUUAGUUUCCAUUACUCUUCACUCCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCUGGUUGCCAUGUGGAG GC- - C -| U UGGUUA GAGAU CAG AUUCAUCA AG UGGUU UGAUGUG \ CUUUG GUC UGAGUAGU UC ACCGA ACUAUAC U UCCCUCACUUCUCAUUAC AUU U U G^ C UUGUAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mom-Mir-2-o88_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAUCACAGUGGUUUUGAUGUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mom-Mir-2-o88_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGU -60
Get sequence
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