| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-335 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-335 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-335 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-335 Cfa-Mir-335 Cja-Mir-335 Cpo-Mir-335 Dno-Mir-335 Eca-Mir-335 Ete-Mir-335 Hsa-Mir-335 Laf-Mir-335 Mml-Mir-335 Mmr-Mir-335 Ocu-Mir-335 Pab-Mir-335 Rno-Mir-335 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr6: 30741314-30741375 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAAGAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAUUGGAAAAGAUUUCUUUUGGGCGGGGGUCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGUUUGUUUUUCGUAAACCGUUUUUCAUUAUUGCUCCUGACCCCCUCUCAUGGGUUAUAGCCAGUCGAGUAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAUUGGAAAAGAUUUCUUU--| C A C UUUGUUU UGGG GGGGGUCA GAGCAAUAA GAAAAAUG U ACUC CCCCCAGU CUCGUUAUU CUUUUUGC U AAUGAGCUGACCGAUAUUGGGU^ U C A CAAAUGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-335_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000766 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000766 TargetScanVert: mmu-miR-335-5p miRDB: MIMAT0000766 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-335_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004704 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UUUUUCAUUAUUGCUCCUGACC -62
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004704 TargetScanVert: mmu-miR-335-3p miRDB: MIMAT0004704 |
