MirGeneDB ID | Laf-Mir-335 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-335 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-335 Cfa-Mir-335 Cja-Mir-335 Cpo-Mir-335 Dno-Mir-335 Eca-Mir-335 Ete-Mir-335 Hsa-Mir-335 Mml-Mir-335 Mmr-Mir-335 Mmu-Mir-335 Ocu-Mir-335 Pab-Mir-335 Rno-Mir-335 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010032.1: 99864025-99864082 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAAGAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGACUGGAAAAGACUUCUUUUGGGCGGGGGUCAAGAGCAAUAACGGAGAAUGUCUGUGAUGAACCAUUUUUCAUUAUUGCUCCUGACCUCCUCUCAUUUGCUCCCCGCGGCUGCGUGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GGACUGGAAAAGACUUCUUU--| C A C UCUGU UGGG GGGGGUCA GAGCAAUAA GGAGAAUG G ACUC CCUCCAGU CUCGUUAUU CUUUUUAC A AGUGCGUCGGCGCCCCUCGUUU^ U C A CAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Laf-Mir-335_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAAGAGCAAUAACGGAGAAUG -22
Get sequence
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Star sequence | Laf-Mir-335_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UUUUUCAUUAUUGCUCCUGACC -58
Get sequence
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