| MirGeneDB ID | Mal-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-147-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-147 Cja-Mir-147 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Eca-Mir-147 Gga-Mir-147 Lch-Mir-147 Mdo-Mir-147 Mml-Mir-147 Mmr-Mir-147 Mmu-Mir-147 Neu-Mir-147 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pab-Mir-147 Pma-Mir-147 Sha-Mir-147 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 Tni-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884760.1: 919283-919345 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-147-v2) |
Mir-147-v1
KV884760.1: 919283-919345 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-147-v2 KV884760.1: 919283-919345 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mal-Mir-147-v2 |
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| Seed | GUGCGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGACUAUCCGCUUGCCCCCCAUCUGUCUAGCAGAAUCCUUUCUGCACAAACUAGGAUACUUUGACAGUCAGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUCCACUGGUGGGGUUUCACCCAGCCCAAGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGACUAUCCGCUUGCC--| U CU UCC AACUAGGAUAC CCCCAUC GU AGCAGAA UUUCUGCACA \ GGGGUGG CA UCGUCUU AAAGGCGUGU U CAGGAACCCGACCCACUUU^ U CC CGU GACUGACAGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-147-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAGAAUCCUUUCUGCACAAAC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-147-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UGUGCGGAAAUGCUUCUGCUC -63
Get sequence
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| Variant | Mal-Mir-147-v1 |
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| Seed | UGUGCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGACUAUCCGCUUGCCCCCCAUCUGUCUAGCAGAAUCCUUUCUGCACAAACUAGGAUACUUUGACAGUCAGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUCCACUGGUGGGGUUUCACCCAGCCCAAGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGACUAUCCGCUUGCC--| U CU UCC AACUAGGAUAC CCCCAUC GU AGCAGAA UUUCUGCACA \ GGGGUGG CA UCGUCUU AAAGGCGUGU U CAGGAACCCGACCCACUUU^ U CC CGU GACUGACAGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-147-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAGAAUCCUUUCUGCACAAACU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-147-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- GUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUC -63
Get sequence
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