| MirGeneDB ID | Mal-Mir-126-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-126 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-126-P2b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-126-P2-v1 Ami-Mir-126-P2-v1 Bta-Mir-126-P2-v1 Cfa-Mir-126-P2-v1 Cja-Mir-126-P2-v1 Cli-Mir-126-P2-v1 Cmi-Mir-126-P2-v1 Cpi-Mir-126-P2-v1 Cpo-Mir-126-P2-v1 Dno-Mir-126-P2-v1 Dre-Mir-126-P2b-v1 Eca-Mir-126-P2-v1 Ete-Mir-126-P2-v1 Gga-Mir-126-P2-v1 Gja-Mir-126-P2-v1 Gmo-Mir-126-P2b-v1 Hsa-Mir-126-P2-v1 Laf-Mir-126-P2-v1 Lch-Mir-126-P2 Loc-Mir-126-P2-v1 Mdo-Mir-126-P2-v1 Mml-Mir-126-P2-v1 Mmr-Mir-126-P2-v1 Mmu-Mir-126-P2-v1 Mun-Mir-126-P2-v1 Neu-Mir-126-P2-v1 Oan-Mir-126-P2-v1 Ocu-Mir-126-P2-v1 Pab-Mir-126-P2-v1 Pbv-Mir-126-P2-v1 Rno-Mir-126-P2-v1 Sha-Mir-126-P2-v1 Spt-Mir-126-P2 Sto-Mir-126-P2-v1 Tgu-Mir-126-P2-v1 Tni-Mir-126-P2b-v1 Xtr-Mir-126-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884909.1: 671473-671531 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-126-P2b-v3) |
Mir-126-P2b-v1
KV884909.1: 671473-671531 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-126-P2b-v2 KV884909.1: 671473-671531 [+] UCSC Ensembl Mir-126-P2b-v3 KV884909.1: 671473-671531 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mal-Mir-126-P2b-v3 |
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| Seed | UCGUACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGAAAGAAACAUAGCCAGCUUCGCGGUCCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUAUGCCACUCUCAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCACUGCGACUGGUGCUGACUCCAGACAGGCCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAAGAAAGAAACAUAGC----| CU C U CGCUAUGCC CAG UCGCGGU CAUUAUUACUU UGGUACG \ GUC AGCGUCA GUAAUAAUGAG GCCAUGC A CCCGGACAGACCUCAGUCGUG^ -- C U UCAACUCUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-126-P2b-v3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCGCU -23
Get sequence
|
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| Mature sequence | Mal-Mir-126-P2b-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCA -59
Get sequence
|
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| Variant | Mal-Mir-126-P2b-v1 |
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| Seed | CGUACCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGAAAGAAACAUAGCCAGCUUCGCGGUCCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUAUGCCACUCUCAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCACUGCGACUGGUGCUGACUCCAGACAGGCCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAAGAAAGAAACAUAGC----| CU C U CGCUAUGCC CAG UCGCGGU CAUUAUUACUU UGGUACG \ GUC AGCGUCA GUAAUAAUGAG GCCAUGC A CCCGGACAGACCUCAGUCGUG^ -- C U UCAACUCUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-126-P2b-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-126-P2b-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCGUACCGUGAGUAAUAAUGCA -59
Get sequence
|
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| Variant | Mal-Mir-126-P2b-v2 |
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| Seed | AUUAUUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGAAAGAAACAUAGCCAGCUUCGCGGUCCAUUAUUACUUUUGGUACGCGCUAUGCCACUCUCAACUCGUACCGUGAGUAAUAAUGCACUGCGACUGGUGCUGACUCCAGACAGGCCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAAGAAAGAAACAUAGC----| CU C U CGCUAUGCC CAG UCGCGGU CAUUAUUACUU UGGUACG \ GUC AGCGUCA GUAAUAAUGAG GCCAUGC A CCCGGACAGACCUCAGUCGUG^ -- C U UCAACUCUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-126-P2b-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUAUUACUUUUGGUACGCG -21
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-126-P2b-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CGUACCGUGAGUAAUAAUGCA -59
Get sequence
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