MirGeneDB ID | Lpo-Mir-76-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-76 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCGUUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lpo-Mir-76-P3 Lpo-Mir-76-P4 Lpo-Mir-76-P6 Lpo-Mir-76-P7 Lpo-Mir-76-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-76 Asu-Mir-76 Bge-Mir-76 Bpl-Mir-76 Cbr-Mir-76 Cel-Mir-76 Cgi-Mir-76 Cte-Mir-76 Dan-Mir-76 Dma-Mir-76 Dme-Mir-76 Dmo-Mir-76 Dpu-Mir-76 Dsi-Mir-76 Dya-Mir-76 Efe-Mir-76 Esc-Mir-76 Hme-Mir-76 Isc-Mir-76 Lgi-Mir-76 Npo-Mir-76 Obi-Mir-76 Ovu-Mir-76 Pmi-Mir-76 Spu-Mir-76 Tca-Mir-76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013668617.1: 102968-103030 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAAUAGCAGAAACAAAGGGAGAGGUUGCCCAGGUUUCUCGGUUAACGAAUAUGAAAAGUUUAUUUUAUUGUUCGUUGUCGUCGAAACCUGAACAAAACUCCUUGAACCAUCAGAAGAAGGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAAUAGCAGAAACAAA---| AGG CC UCGGU UGAAAAGU GGGAG UUG CAGGUUUC UAACGAAUA \ UCCUC AAC GUCCAAAG GUUGCUUGU U UUGGAAGAAGACUACCAAGU^ AA- AA CUGCU UAUUUUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Lpo-Mir-76-P5_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGGUUUCUCGGUUAACGAAUA -22
Get sequence
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Mature sequence | Lpo-Mir-76-P5_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UUCGUUGUCGUCGAAACCUGAA -63
Get sequence
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