| MirGeneDB ID | Loc-Mir-142-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-142-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-142-P2-v1 Bta-Mir-142-P2-v1 Cfa-Mir-142-P2-v1 Cja-Mir-142-P2-v1 Cli-Mir-142-P2-v1 Cmi-Mir-142-P2-v1 Cpi-Mir-142-P2-v1 Cpo-Mir-142-P2-v1 Dno-Mir-142-P2-v1 Dre-Mir-142-P2-v1 Eca-Mir-142-P2-v1 Ete-Mir-142-P2-v1 Gga-Mir-142-P2-v1 Gmo-Mir-142-P2-v1 Hsa-Mir-142-P2-v1 Lch-Mir-142-P2 Mal-Mir-142-P2-v1 Mdo-Mir-142-P2-v1 Mml-Mir-142-P2-v1 Mmr-Mir-142-P2-v1 Mmu-Mir-142-P2-v1 Neu-Mir-142-P2-v1 Oan-Mir-142-P2-v1 Ocu-Mir-142-P2-v1 Pab-Mir-142-P2-v1 Rno-Mir-142-P2-v1 Sha-Mir-142-P2-v1 Spt-Mir-142-P2 Sto-Mir-142-P2-v1 Tgu-Mir-142-P2-v1 Tni-Mir-142-P2-v1 Xla-Mir-142-P2a1-v1 Xla-Mir-142-P2a2-v1 Xla-Mir-142-P2b1-v1 Xla-Mir-142-P2b2-v1 Xtr-Mir-142-P2a-v1 Xtr-Mir-142-P2b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG22: 3347498-3347561 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P2-v4) |
Mir-142-P2-v4
LG22: 3347498-3347561 [-]
Ensembl
Mir-142-P2-v1 LG22: 3347500-3347559 [-] Ensembl Mir-142-P2-v2 LG22: 3347500-3347559 [-] Ensembl Mir-142-P2-v3 LG22: 3347500-3347559 [-] Ensembl |
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| Variant | Loc-Mir-142-P2-v4 |
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| Seed | CCAUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAAGACUCAUCGGAAGUACAGUGCAGUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUCCUCGGCACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUUGGCUACUGAGAAAAAACAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGAAGACUCAUCGGAAGU--| G A UAAACUCC ACAGUGCA UCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC U UGUCAUGU AGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C GACAAAAAAGAGUCAUCGGU^ G C UGACACGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Loc-Mir-142-P2-v4_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCAUAAAGUAGAAAGCACUAC -22
Get sequence
|
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| Star sequence | Loc-Mir-142-P2-v4_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AGUGUUUCCUACUUUAUGGAUG -64
Get sequence
|
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| Variant | Loc-Mir-142-P2-v1 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGACUCAUCGGAAGUACAGUGCAGUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUCCUCGGCACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUUGGCUACUGAGAAAAAACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAGACUCAUCGGAAGUA--| G A UAAACUCC CAGUGCA UCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC U GUCAUGU AGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CAAAAAAGAGUCAUCGGUU^ G C UGACACGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Loc-Mir-142-P2-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
|
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| Star sequence | Loc-Mir-142-P2-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
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| Variant | Loc-Mir-142-P2-v2 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGACUCAUCGGAAGUACAGUGCAGUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUCCUCGGCACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUUGGCUACUGAGAAAAAACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAGACUCAUCGGAAGUA--| G A UAAACUCC CAGUGCA UCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC U GUCAUGU AGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CAAAAAAGAGUCAUCGGUU^ G C UGACACGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Loc-Mir-142-P2-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Loc-Mir-142-P2-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
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| Variant | Loc-Mir-142-P2-v3 |
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| Seed | GUAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGACUCAUCGGAAGUACAGUGCAGUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUCCUCGGCACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUUGGCUACUGAGAAAAAACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAGACUCAUCGGAAGUA--| G A UAAACUCC CAGUGCA UCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC U GUCAUGU AGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CAAAAAAGAGUCAUCGGUU^ G C UGACACGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-142-P2-v3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUAA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-142-P2-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
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