MirGeneDB ID | Gpa-Mir-1000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1000 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tsetse fly (Glossina pallidipes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1000-P1 Aae-Mir-1000-P2 Aga-Mir-1000 Bge-Mir-1000 Dan-Mir-1000 Dlo-Mir-1000 Dme-Mir-1000 Dmo-Mir-1000 Dsi-Mir-1000 Dya-Mir-1000 Hme-Mir-1000 Tca-Mir-1000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GpalI1) |
Scaffold138: 468598-468663 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAUUGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAAGAAUGGAAACGAAACGAUUGCCAUUGAUAUUGUCCUGUCACAGCAGUAUGUGAUUUCUUUCAAUAUAUUACUGCUGGGCCGGGGCAUUAACACUGUUGGUCGUUGUAGACAACGUUUAUCAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAAGAAUGGAAACGAA-- GC U A U -| A UGUGAUUUC ACGAUU CA UG UA UGUCCU GUC CAGCAGUA U UGCUGG GU AC AU ACGGGG CGG GUCGUCAU U UACUAUUUGCAACAGAUGU UU C A U C^ - UAUAUAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gpa-Mir-1000_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUAUUGUCCUGUCACAGCAGUA -22
Get sequence
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Star sequence | Gpa-Mir-1000_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- CUGCUGGGCCGGGGCAUUAACA -66
Get sequence
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